More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2364 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  621  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  99.68 
 
 		 314 aa  618  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  81.48 
 
 		 298 aa  476  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  79.38 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  78.01 
 
 		 299 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  75.08 
 
 		 298 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 293 aa  340  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 321 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 294 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  51.22 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  36.07 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.34 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.99 
 
 		 312 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>