88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1782 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 107 aa  221  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  98.13 
 
 		 107 aa  218  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  85.05 
 
 		 107 aa  197  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  67.29 
 
 		 107 aa  153  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  60.38 
 
 		 107 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  60.38 
 
 		 107 aa  130  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  59.43 
 
 		 107 aa  130  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  59.43 
 
 		 107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  59.43 
 
 		 107 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  59.43 
 
 		 107 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  56.6 
 
 		 107 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  56.6 
 
 		 107 aa  123  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  47.12 
 
 		 106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  48.08 
 
 		 106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  47.12 
 
 		 106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  47.62 
 
 		 106 aa  111  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  47.12 
 
 		 106 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  47.12 
 
 		 106 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  47.12 
 
 		 106 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 105 aa  110  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  47.12 
 
 		 106 aa  110  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 108 aa  103  8e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 110 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 107 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  50.53 
 
 		 114 aa  96.7  8e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 108 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  47 
 
 		 100 aa  94.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  49.47 
 
 		 113 aa  94.7  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  48 
 
 		 101 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  43.93 
 
 		 107 aa  94  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  41.12 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 107 aa  93.6  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  45.92 
 
 		 101 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  40.78 
 
 		 105 aa  89.4  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  43.43 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 100 aa  87.8  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  47 
 
 		 101 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  48 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  40.59 
 
 		 100 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  40 
 
 		 100 aa  81.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  53.95 
 
 		 75 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 100 aa  72  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 103 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  49.09 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  47.27 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  47.27 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  43.28 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 147 aa  50.4  0.000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  43.28 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  44.23 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  28.41 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 111 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  35.82 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  40.68 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1045  putative transcriptional regulator  46.55 
 
 		 52 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0669957  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 102 aa  42  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 95 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  33.33 
 
 		 95 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  33.78 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  33.78 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  33.78 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 97 aa  40.4  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  42.86 
 
 		 89 aa  40.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 103 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  45.95 
 
 		 108 aa  40  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>