60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2628 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2628  cytochrome c, putative  100 
 
 		 551 aa  1086    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1979  cytochrome c, putative  30.13 
 
 		 516 aa  169  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 541 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2460  cytochrome c  29.54 
 
 		 508 aa  143  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.360393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2285  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.31 
 
 		 559 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2451  cytochrome c  34.78 
 
 		 558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.131224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3486  cytochrome c, putative  35.49 
 
 		 559 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0158874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  30.53 
 
 		 541 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1397  cytochrome c family protein, putative  31.61 
 
 		 567 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2293  hypothetical protein  36.15 
 
 		 526 aa  71.6  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1483  cytochrome c family protein, putative  29.1 
 
 		 563 aa  70.5  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4696  hypothetical protein  34.62 
 
 		 541 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.797222  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 386 aa  66.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3792  hypothetical protein  31.33 
 
 		 635 aa  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  24.01 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.69 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0327  hypothetical protein  32.28 
 
 		 187 aa  58.9  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.126793  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1065  hypothetical protein  36 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145619  normal  0.0411422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  22.61 
 
 		 382 aa  55.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  20.61 
 
 		 394 aa  53.5  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 377 aa  53.5  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 		 415 aa  53.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  35.14 
 
 		 394 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 		 412 aa  50.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  37.66 
 
 		 378 aa  50.8  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  31.36 
 
 		 399 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 383 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 379 aa  49.7  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 384 aa  48.5  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  32.38 
 
 		 399 aa  48.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 		 398 aa  48.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  32.06 
 
 		 407 aa  47  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  26.7 
 
 		 420 aa  47  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  22.69 
 
 		 408 aa  46.6  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  39.66 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 411 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  35.14 
 
 		 409 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  33.64 
 
 		 402 aa  46.2  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 380 aa  45.8  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  43.1 
 
 		 438 aa  45.4  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  29.51 
 
 		 404 aa  45.4  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  35.94 
 
 		 368 aa  45.1  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 		 410 aa  45.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 		 402 aa  45.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.51 
 
 		 425 aa  44.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  30.4 
 
 		 410 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  38.16 
 
 		 409 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 		 411 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 		 370 aa  44.3  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  30.47 
 
 		 407 aa  44.3  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 		 370 aa  44.7  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 		 401 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  35.06 
 
 		 373 aa  44.3  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  34.33 
 
 		 411 aa  43.9  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 		 377 aa  43.5  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>