More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0828 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
297 aa  597  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.22 
 
 
297 aa  407  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  63.01 
 
 
298 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.46 
 
 
299 aa  372  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  60.41 
 
 
294 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  60.94 
 
 
297 aa  364  1e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  60.07 
 
 
294 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  60.07 
 
 
294 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  60.07 
 
 
294 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  60.07 
 
 
294 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  61.95 
 
 
307 aa  362  4e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
294 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  359  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  359  3e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  359  3e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  359  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  359  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  58.89 
 
 
294 aa  358  5e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  57.99 
 
 
296 aa  349  2e-95  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.04 
 
 
292 aa  348  4e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.44 
 
 
337 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  57.09 
 
 
328 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
328 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.87 
 
 
333 aa  338  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
293 aa  336  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
293 aa  336  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.42 
 
 
297 aa  331  8e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
335 aa  330  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  56.4 
 
 
303 aa  329  3e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
299 aa  329  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.78 
 
 
309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
340 aa  325  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1917  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.63 
 
 
293 aa  323  2e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.56 
 
 
306 aa  322  3e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.53 
 
 
334 aa  323  3e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
339 aa  317  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0858  Short-chain alcohol dehydrogenase  53.82 
 
 
289 aa  315  4e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.63 
 
 
286 aa  310  2e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.98 
 
 
335 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.95 
 
 
293 aa  310  2e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
301 aa  308  6.999999999999999e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  52.6 
 
 
294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
300 aa  306  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.25 
 
 
333 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.19 
 
 
335 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.19 
 
 
335 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.81 
 
 
298 aa  301  6.000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
298 aa  301  7.000000000000001e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.75 
 
 
304 aa  300  3e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.2 
 
 
308 aa  299  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.58 
 
 
285 aa  294  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  54.86 
 
 
313 aa  293  2e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.86 
 
 
272 aa  293  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  52.35 
 
 
285 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
290 aa  292  5e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
285 aa  292  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
291 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
290 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
290 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.06 
 
 
286 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.26 
 
 
285 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.99 
 
 
298 aa  281  1e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
286 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
292 aa  278  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
285 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.91 
 
 
288 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.94 
 
 
286 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.74 
 
 
285 aa  275  7e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
286 aa  275  8e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.01 
 
 
285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
285 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.01 
 
 
285 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
285 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
285 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.54 
 
 
285 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.79 
 
 
280 aa  271  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 
311 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
293 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.58 
 
 
286 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.99 
 
 
286 aa  266  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
285 aa  266  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
295 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  48.91 
 
 
288 aa  265  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
288 aa  265  5.999999999999999e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
286 aa  264  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.73 
 
 
286 aa  264  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 
295 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
287 aa  263  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.07 
 
 
285 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.76 
 
 
292 aa  264  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.48 
 
 
293 aa  263  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
288 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.72 
 
 
285 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
286 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>