173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0317 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0317  kinase, PfkB family  100 
 
 		 382 aa  782    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.196123 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  35.85 
 
 		 374 aa  209  6e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  35.13 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  32.47 
 
 		 380 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  34.08 
 
 		 363 aa  202  8e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  30.48 
 
 		 360 aa  201  9.999999999999999e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  30.16 
 
 		 363 aa  196  7e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  32.86 
 
 		 363 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  30.83 
 
 		 362 aa  166  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  30.83 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  30.83 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  30.83 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  30.83 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  30.83 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2307  hypothetical protein  30.83 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.945779  hitchhiker  0.00150581 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  29.65 
 
 		 362 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  33.99 
 
 		 377 aa  147  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  31.12 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  26.82 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  26.82 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  23.75 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  26.85 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  26.22 
 
 		 313 aa  111  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  28.51 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  28.51 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  27.8 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  27.8 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  27.8 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  27.8 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  27.78 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  25.56 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  25.56 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  26.62 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3222  ribokinase-like domain-containing protein  24.76 
 
 		 314 aa  99.4  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  0.0230782 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3923  ribokinase-like domain-containing protein  24.45 
 
 		 314 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  22.36 
 
 		 318 aa  92.8  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  26.48 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1264  hypothetical protein  26.59 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  22.09 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  23.2 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  26.72 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  26.17 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  26.52 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  27.35 
 
 		 309 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  25.46 
 
 		 321 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  26.28 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  26.94 
 
 		 309 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  28.51 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  24.8 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  26.52 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  29.32 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  25.9 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  25.37 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  28.63 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  28.1 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  26.53 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  23.95 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  25.49 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  25.49 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  28.8 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  23.77 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  27.56 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  29.03 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  29.03 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  25.18 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  29.03 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  24.88 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  26.73 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  25.26 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  25.45 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  27.91 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  23.36 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  23.36 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  27.05 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  23.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  23.13 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  28.57 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  25.51 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  27.07 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  25.22 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  22.8 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  23.25 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  25.39 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  22.8 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  22.8 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  24.45 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  25 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  24.35 
 
 		 308 aa  53.9  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  23.48 
 
 		 303 aa  53.5  0.000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  24.67 
 
 		 311 aa  53.1  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  22.61 
 
 		 309 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  25.33 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  22.61 
 
 		 309 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  24.66 
 
 		 304 aa  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  22.61 
 
 		 309 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>