More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0551 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2475  sigma-54 dependent transcriptional regulator  76.33 
 
 
903 aa  1432    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.198348  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0176  transcriptional regulator  54.54 
 
 
940 aa  1022    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.544454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0763  putative GAF sensor protein  75.77 
 
 
936 aa  1454    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3326  putative phytochrome sensor protein  65.27 
 
 
935 aa  1258    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0330  putative phytochrome sensor protein  72.18 
 
 
925 aa  1374    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0551  putative GAF sensor protein  100 
 
 
937 aa  1902    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0455  putative GAF sensor protein  64.95 
 
 
937 aa  1229    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.704561  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0312  Sigma 54 interacting domain protein  71.64 
 
 
934 aa  1370    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  32.43 
 
 
545 aa  183  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  32.43 
 
 
545 aa  183  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  34.93 
 
 
537 aa  178  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.5 
 
 
495 aa  177  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.42 
 
 
449 aa  177  8e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.05 
 
 
483 aa  174  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.05 
 
 
485 aa  174  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0356  putative two component response regulator  35.78 
 
 
492 aa  173  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.05 
 
 
483 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.21 
 
 
394 aa  172  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.05 
 
 
480 aa  172  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.37 
 
 
448 aa  172  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  31.09 
 
 
627 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1811  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.08 
 
 
474 aa  171  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.053001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  34.18 
 
 
522 aa  171  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0684  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 
456 aa  171  6e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  30.31 
 
 
507 aa  171  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.51 
 
 
684 aa  170  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1701  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.66 
 
 
514 aa  170  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.75 
 
 
448 aa  170  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.48 
 
 
512 aa  169  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.02 
 
 
458 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.4 
 
 
457 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  32.29 
 
 
525 aa  168  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.88 
 
 
534 aa  168  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  30.74 
 
 
524 aa  168  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3561  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  37.28 
 
 
469 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
457 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  30.98 
 
 
593 aa  167  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1886  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
379 aa  167  8e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01588  two-component system, response regulator  39.11 
 
 
464 aa  167  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.396226  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0148  sigma-54-dependent transcriptional regulator  38.62 
 
 
417 aa  167  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.88 
 
 
458 aa  167  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.75 
 
 
419 aa  167  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000432262  normal  0.978022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.01 
 
 
481 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  29.4 
 
 
561 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  34.25 
 
 
542 aa  166  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  29.49 
 
 
542 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.52 
 
 
538 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  30.33 
 
 
533 aa  165  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
462 aa  165  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  32.54 
 
 
522 aa  165  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0906  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.88 
 
 
487 aa  165  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000910984  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2239  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
457 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.42 
 
 
457 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1028  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  38.33 
 
 
468 aa  165  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.070914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0257  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  36.36 
 
 
471 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  38.85 
 
 
452 aa  164  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  39.13 
 
 
448 aa  164  7e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 
457 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 
465 aa  164  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1160  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.84 
 
 
475 aa  164  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  41.3 
 
 
485 aa  163  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  33.43 
 
 
532 aa  163  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.2 
 
 
454 aa  163  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  32.28 
 
 
439 aa  163  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.29 
 
 
529 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3764  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  35.06 
 
 
471 aa  164  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0258  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.17 
 
 
469 aa  163  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.1328  hitchhiker  0.00000193209 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1986  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
457 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.546437 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  36.4 
 
 
459 aa  162  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.77 
 
 
455 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.34 
 
 
453 aa  163  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0734  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  35.71 
 
 
477 aa  163  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.64 
 
 
653 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 
387 aa  162  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 
449 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.34 
 
 
388 aa  162  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3615  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.3 
 
 
383 aa  162  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 
457 aa  162  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  35.26 
 
 
539 aa  162  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  31.82 
 
 
531 aa  162  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3361  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.88 
 
 
509 aa  162  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.85 
 
 
455 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0074  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.12 
 
 
453 aa  162  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4651  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  38.61 
 
 
469 aa  162  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.446316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.64 
 
 
456 aa  162  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.3 
 
 
465 aa  162  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.41 
 
 
480 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.19 
 
 
535 aa  161  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  34.95 
 
 
540 aa  161  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2771  two component Fis family transcriptional regulator  40.42 
 
 
449 aa  161  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.195731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
446 aa  161  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  43.5 
 
 
564 aa  162  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.48 
 
 
557 aa  161  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  35.53 
 
 
533 aa  161  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1758  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.17 
 
 
478 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.34 
 
 
551 aa  161  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.44 
 
 
470 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  30.51 
 
 
670 aa  161  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0371  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.17 
 
 
470 aa  161  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160254  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  36.36 
 
 
667 aa  161  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>