More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0312 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2475  sigma-54 dependent transcriptional regulator  67.48 
 
 
903 aa  1261    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.198348  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0330  putative phytochrome sensor protein  96.76 
 
 
925 aa  1835    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0176  transcriptional regulator  53.14 
 
 
940 aa  995    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.544454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0763  putative GAF sensor protein  67.2 
 
 
936 aa  1285    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3326  putative phytochrome sensor protein  60.43 
 
 
935 aa  1154    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0551  putative GAF sensor protein  71.83 
 
 
937 aa  1363    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0312  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
934 aa  1910    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0455  putative GAF sensor protein  61.85 
 
 
937 aa  1160    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.704561  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.15 
 
 
480 aa  177  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  31.78 
 
 
525 aa  177  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.7 
 
 
534 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 
483 aa  175  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 
483 aa  175  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.45 
 
 
485 aa  175  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.43 
 
 
538 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.05 
 
 
448 aa  174  9e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.7 
 
 
464 aa  174  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.7 
 
 
464 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  30.54 
 
 
545 aa  172  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  30.54 
 
 
545 aa  172  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.16 
 
 
394 aa  171  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
462 aa  171  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  30 
 
 
561 aa  170  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.36 
 
 
388 aa  170  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  30.46 
 
 
608 aa  170  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.13 
 
 
466 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.87 
 
 
533 aa  170  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  30.23 
 
 
593 aa  169  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
463 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.25 
 
 
477 aa  169  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.31 
 
 
457 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.88 
 
 
490 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  41.35 
 
 
452 aa  168  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01588  two-component system, response regulator  41 
 
 
464 aa  168  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.396226  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  37.59 
 
 
542 aa  168  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0684  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.58 
 
 
456 aa  168  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  30.36 
 
 
627 aa  168  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.63 
 
 
495 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3615  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.87 
 
 
383 aa  167  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 
458 aa  167  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.81 
 
 
456 aa  167  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  32.24 
 
 
531 aa  167  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.32 
 
 
387 aa  167  9e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.14 
 
 
448 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.89 
 
 
457 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.81 
 
 
458 aa  165  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  34.11 
 
 
537 aa  166  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
481 aa  165  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  30.09 
 
 
511 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
481 aa  165  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  32.29 
 
 
600 aa  165  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.4 
 
 
449 aa  165  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  33.61 
 
 
667 aa  164  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  36.88 
 
 
444 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
387 aa  164  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.72 
 
 
462 aa  164  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.39 
 
 
529 aa  164  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  29.11 
 
 
509 aa  164  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.64 
 
 
454 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  28.24 
 
 
507 aa  164  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.63 
 
 
461 aa  164  9e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.59 
 
 
552 aa  164  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.45 
 
 
457 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  36.49 
 
 
441 aa  163  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  29.71 
 
 
535 aa  164  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.84 
 
 
454 aa  163  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.98 
 
 
474 aa  164  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  35.19 
 
 
441 aa  163  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  34.69 
 
 
550 aa  164  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  37.12 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
653 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  37.8 
 
 
455 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.45 
 
 
457 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  37.12 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  37.12 
 
 
441 aa  163  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  44.89 
 
 
661 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.77 
 
 
688 aa  163  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  37.12 
 
 
441 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.62 
 
 
517 aa  162  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.61 
 
 
564 aa  162  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  36.57 
 
 
443 aa  162  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  38.58 
 
 
441 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  38.58 
 
 
441 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.89 
 
 
463 aa  162  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.72 
 
 
459 aa  162  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
459 aa  162  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.12 
 
 
441 aa  162  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3361  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.25 
 
 
509 aa  161  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  31.89 
 
 
474 aa  161  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  32.58 
 
 
532 aa  162  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  32.1 
 
 
439 aa  162  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  38.58 
 
 
441 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 
589 aa  161  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  41.35 
 
 
566 aa  162  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  37.12 
 
 
441 aa  161  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  38.58 
 
 
441 aa  162  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0726  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.34 
 
 
494 aa  161  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
447 aa  161  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.2 
 
 
449 aa  161  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.54 
 
 
748 aa  161  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>