More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3980 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3980  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  531  1e-150  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
261 aa  285  4e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1491  short chain dehydrogenase  58.72 
 
 
233 aa  275  5e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4682  short chain dehydrogenase  56.85 
 
 
244 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4768  short chain dehydrogenase  56.85 
 
 
244 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0810301  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5265  short chain dehydrogenase  59.36 
 
 
265 aa  273  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5067  short chain dehydrogenase  56.45 
 
 
244 aa  272  5.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325095  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2742  short chain dehydrogenase  57.96 
 
 
252 aa  270  1e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0442377  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13582  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
259 aa  270  2e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.117031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1386  short chain dehydrogenase  58.1 
 
 
256 aa  256  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1512  short chain dehydrogenase  50.19 
 
 
262 aa  248  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.538743  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1462  short chain dehydrogenase  54.32 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780505  normal  0.472933 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2137  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.422468  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2633  short chain dehydrogenase  55.78 
 
 
252 aa  226  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.522404  normal  0.186354 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2830  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 
247 aa  227  2e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2066  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
251 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
257 aa  223  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3623  short chain dehydrogenase  47.79 
 
 
280 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  47.83 
 
 
254 aa  202  7e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  42.39 
 
 
256 aa  166  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.52 
 
 
251 aa  135  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
250 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
294 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.58 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.72 
 
 
286 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
295 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.72 
 
 
286 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.72 
 
 
323 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
289 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
258 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
251 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
251 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
256 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
261 aa  122  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  122  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
247 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
256 aa  121  9e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0877  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
268 aa  120  3e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  30.86 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
266 aa  118  7.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
262 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.69 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.46 
 
 
261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
258 aa  117  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
253 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.34 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5308  dehydrogenase  35.1 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19539  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  35.48 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35 
 
 
266 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0569  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
267 aa  115  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  34.55 
 
 
250 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 
250 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.63 
 
 
250 aa  115  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.1 
 
 
246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
248 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1428  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.73 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.493611  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  34.3 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.25 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
254 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 
238 aa  113  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
248 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
294 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
262 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4015  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.553576  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  33.33 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
256 aa  112  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 
268 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
262 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.18 
 
 
299 aa  112  6e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  34.43 
 
 
292 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
250 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
272 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>