More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4216 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
205 aa  384  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.235405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.66 
 
 
285 aa  184  5e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.98 
 
 
278 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0130127 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.28 
 
 
214 aa  118  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
306 aa  82  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.439013  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
277 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 
226 aa  58.9  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3000  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
272 aa  58.9  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0641388  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
271 aa  58.9  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 
279 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.288274  normal  0.29741 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1778  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  40.18 
 
 
228 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  29.46 
 
 
273 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.09 
 
 
266 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
263 aa  53.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0128625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 
254 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2157  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.51 
 
 
253 aa  53.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.817787  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
266 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
262 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  27.24 
 
 
254 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
251 aa  52.8  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03910  probable 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  29.69 
 
 
247 aa  52.4  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.114751  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0417  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
247 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0536  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
470 aa  52  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0654259  normal  0.234272 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 
268 aa  52  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0031  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
250 aa  51.6  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0028  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
250 aa  51.6  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0543061  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
253 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  27.68 
 
 
273 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
249 aa  51.2  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09810  short-chain alcohol dehydrogenase  34.43 
 
 
261 aa  51.6  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0913042  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.17 
 
 
253 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.71 
 
 
247 aa  51.2  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28720  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.94 
 
 
259 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.382061  normal  0.0594101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.32 
 
 
286 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
257 aa  50.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
256 aa  50.4  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.37 
 
 
245 aa  50.4  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
238 aa  50.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 
251 aa  50.1  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
255 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.21 
 
 
309 aa  50.1  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.91 
 
 
268 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.95 
 
 
254 aa  50.1  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
249 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00764889  hitchhiker  0.0046637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
253 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5231  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 
252 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0476444  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
248 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25 
 
 
247 aa  49.7  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
266 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.64422 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  33.77 
 
 
301 aa  49.7  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.67 
 
 
245 aa  49.3  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
274 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  26.19 
 
 
252 aa  49.3  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.2 
 
 
260 aa  49.3  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
259 aa  49.3  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 
255 aa  48.9  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
247 aa  48.9  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.29 
 
 
245 aa  48.9  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
253 aa  48.9  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
267 aa  48.9  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  26.53 
 
 
193 aa  48.5  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
282 aa  48.5  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.34 
 
 
217 aa  48.5  0.00006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
265 aa  48.5  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.473951 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  31.47 
 
 
276 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
256 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.843826  normal  0.0452195 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  48.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
225 aa  48.5  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
252 aa  48.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
295 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0974  acetoin reductase  37.5 
 
 
253 aa  48.1  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
258 aa  48.1  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
262 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.97 
 
 
299 aa  47.4  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
248 aa  47.4  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
262 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12763  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.16 
 
 
272 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.382037 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1729  short chain dehydrogenase  36.57 
 
 
227 aa  47.8  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.91 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4340  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
280 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0293254  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2678  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.69 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.07 
 
 
245 aa  47  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.56 
 
 
268 aa  47  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0093  glucose/ribitol dehydrogenase  29.79 
 
 
259 aa  47  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7370  short-chain alcohol dehydrogenase  31.25 
 
 
247 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.9 
 
 
254 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
248 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 
251 aa  47  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 
275 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4960  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.93 
 
 
252 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57050  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.25 
 
 
252 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 
259 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
302 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
276 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
233 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7025  short chain dehydrogenase  36.75 
 
 
229 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
251 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
268 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742124  normal  0.43311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>