181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3919 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
271 aa  533  1e-150  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  77.46 
 
 
262 aa  353  2e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  65.68 
 
 
301 aa  342  2.9999999999999997e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  65.28 
 
 
268 aa  337  9e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  63.46 
 
 
266 aa  316  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.04 
 
 
312 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.4 
 
 
284 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  61.69 
 
 
291 aa  296  3e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  60.96 
 
 
261 aa  294  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  59.39 
 
 
299 aa  292  3e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.87 
 
 
282 aa  288  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.11 
 
 
284 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  62.78 
 
 
244 aa  279  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  61.88 
 
 
235 aa  273  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  55.29 
 
 
294 aa  269  4e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.67 
 
 
230 aa  266  4e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.23 
 
 
253 aa  265  5e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  58.87 
 
 
233 aa  265  8.999999999999999e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  61.26 
 
 
276 aa  261  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.76 
 
 
273 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.76 
 
 
273 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.76 
 
 
273 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  57.8 
 
 
240 aa  249  3e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.24 
 
 
251 aa  241  7e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  51.5 
 
 
266 aa  238  5.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.17 
 
 
299 aa  236  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.56 
 
 
228 aa  236  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  54.63 
 
 
226 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.61 
 
 
226 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.63 
 
 
226 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.42 
 
 
281 aa  207  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.34 
 
 
228 aa  206  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.92 
 
 
236 aa  192  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48 
 
 
221 aa  189  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.33 
 
 
221 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.27 
 
 
217 aa  175  8e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.63 
 
 
219 aa  169  3e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.75 
 
 
210 aa  169  3e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.45 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  40.83 
 
 
224 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.54 
 
 
186 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.33 
 
 
231 aa  151  8.999999999999999e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.51 
 
 
212 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.72 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.48 
 
 
220 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.19 
 
 
225 aa  138  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.61 
 
 
215 aa  138  1e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.43 
 
 
233 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.38 
 
 
211 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  40.72 
 
 
218 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  39.63 
 
 
207 aa  135  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.48 
 
 
238 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.86 
 
 
220 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.52 
 
 
232 aa  132  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.91 
 
 
215 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.1 
 
 
224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.76 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.28 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.09 
 
 
214 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.65 
 
 
225 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.71 
 
 
200 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.38 
 
 
228 aa  126  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.86 
 
 
214 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.52 
 
 
216 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.35 
 
 
232 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.16 
 
 
225 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.38 
 
 
226 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.44 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.44 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  36.92 
 
 
229 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  33.18 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.75 
 
 
220 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36 
 
 
192 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1447  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.04 
 
 
200 aa  63.2  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.63 
 
 
201 aa  63.2  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.96 
 
 
308 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.21 
 
 
195 aa  62  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.53 
 
 
193 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.34 
 
 
209 aa  61.6  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  27.96 
 
 
308 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1768  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.51 
 
 
194 aa  61.2  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.35 
 
 
204 aa  60.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  34.81 
 
 
292 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0183  Uracil-DNA glycosylase superfamily  31.54 
 
 
210 aa  56.2  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.589955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.32 
 
 
249 aa  55.8  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.02 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.67 
 
 
285 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.8 
 
 
294 aa  53.5  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.83 
 
 
184 aa  52.8  0.000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2449  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.72 
 
 
210 aa  52.8  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  27.13 
 
 
206 aa  52.8  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.05 
 
 
209 aa  52.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2893  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.77 
 
 
254 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.260893  normal  0.720547 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.15 
 
 
341 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.48 
 
 
195 aa  51.6  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.27 
 
 
217 aa  52  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0437  uracil-DNA glycosylase, putative  30.83 
 
 
189 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0292507  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.09 
 
 
209 aa  51.2  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.05 
 
 
490 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>