220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0703 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  100 
 
 
207 aa  423  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  67.16 
 
 
218 aa  277  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.43 
 
 
238 aa  270  9e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  65.84 
 
 
212 aa  270  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63 
 
 
214 aa  255  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.64 
 
 
215 aa  228  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.41 
 
 
236 aa  223  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.27 
 
 
242 aa  221  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.77 
 
 
223 aa  219  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.9 
 
 
200 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.87 
 
 
220 aa  211  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.2 
 
 
225 aa  208  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.52 
 
 
228 aa  208  6e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.73 
 
 
224 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.23 
 
 
226 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.98 
 
 
220 aa  203  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.48 
 
 
233 aa  202  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.49 
 
 
232 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.12 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  52.26 
 
 
229 aa  197  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.26 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.25 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.5 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.98 
 
 
216 aa  192  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.47 
 
 
221 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.5 
 
 
223 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.5 
 
 
223 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  48.26 
 
 
228 aa  187  8e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.32 
 
 
228 aa  184  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.26 
 
 
232 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  44.6 
 
 
224 aa  181  9.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.23 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.23 
 
 
225 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.04 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.04 
 
 
226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.23 
 
 
226 aa  158  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.11 
 
 
240 aa  157  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.04 
 
 
299 aa  156  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.81 
 
 
217 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.34 
 
 
228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  42.59 
 
 
266 aa  152  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  45.75 
 
 
235 aa  151  5.9999999999999996e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  43.19 
 
 
266 aa  149  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.52 
 
 
230 aa  148  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  43.96 
 
 
299 aa  148  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.59 
 
 
276 aa  147  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.06 
 
 
253 aa  147  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.46 
 
 
294 aa  145  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.43 
 
 
186 aa  144  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.13 
 
 
233 aa  144  8.000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.92 
 
 
261 aa  142  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.47 
 
 
312 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.26 
 
 
301 aa  142  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.76 
 
 
282 aa  141  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.28 
 
 
236 aa  139  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.2 
 
 
210 aa  139  3e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.92 
 
 
217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.12 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40 
 
 
251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.52 
 
 
244 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.35 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.7 
 
 
206 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.63 
 
 
271 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.11 
 
 
262 aa  131  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.63 
 
 
284 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.53 
 
 
268 aa  128  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.47 
 
 
284 aa  128  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
231 aa  127  9.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.13 
 
 
281 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.56 
 
 
215 aa  125  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.2 
 
 
273 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.2 
 
 
273 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.2 
 
 
273 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.5 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.67 
 
 
193 aa  72.4  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  33.11 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.05 
 
 
209 aa  63.9  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  34.01 
 
 
292 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.11 
 
 
205 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.11 
 
 
295 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.86 
 
 
304 aa  60.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34 
 
 
245 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.77 
 
 
317 aa  61.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1530  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.26 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.929969  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.61 
 
 
255 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.06 
 
 
193 aa  60.1  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.38 
 
 
264 aa  59.7  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.38 
 
 
189 aa  59.7  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.01 
 
 
264 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
414 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
264 aa  58.2  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  34.23 
 
 
264 aa  57.8  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.14 
 
 
231 aa  57.4  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.83 
 
 
341 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07710  uracil-DNA glycosylase, family 4  36.59 
 
 
213 aa  57.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  38.14 
 
 
260 aa  57.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.23 
 
 
241 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0795  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.04 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.29 
 
 
336 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.5 
 
 
294 aa  57  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>