233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2258 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
242 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  89.76 
 
 
225 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  81.78 
 
 
226 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  80 
 
 
224 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  81.41 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  75 
 
 
225 aa  337  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  74.67 
 
 
229 aa  331  5e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  69.19 
 
 
233 aa  291  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  67.91 
 
 
223 aa  288  4e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  66.35 
 
 
236 aa  285  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  67.15 
 
 
228 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60 
 
 
220 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.68 
 
 
220 aa  258  4e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.33 
 
 
225 aa  258  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.33 
 
 
220 aa  256  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.19 
 
 
214 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.13 
 
 
211 aa  249  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.35 
 
 
223 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.88 
 
 
232 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.89 
 
 
223 aa  246  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  55.45 
 
 
228 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  60.2 
 
 
212 aa  239  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.4 
 
 
216 aa  238  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.67 
 
 
238 aa  232  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  55 
 
 
218 aa  231  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  54.27 
 
 
207 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.5 
 
 
232 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.43 
 
 
215 aa  208  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.54 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.34 
 
 
221 aa  181  8.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  48.31 
 
 
224 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.34 
 
 
221 aa  177  9e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.34 
 
 
228 aa  176  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.34 
 
 
228 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.04 
 
 
253 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.58 
 
 
233 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.51 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.52 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  42.38 
 
 
235 aa  143  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.04 
 
 
186 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.28 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.51 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.01 
 
 
312 aa  140  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.45 
 
 
230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.99 
 
 
240 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40 
 
 
261 aa  138  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.57 
 
 
226 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.57 
 
 
226 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.81 
 
 
251 aa  137  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.62 
 
 
217 aa  137  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.18 
 
 
284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.71 
 
 
301 aa  135  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  42.51 
 
 
299 aa  135  4e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  41.98 
 
 
266 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.65 
 
 
291 aa  135  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.28 
 
 
268 aa  135  8e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.06 
 
 
282 aa  134  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.43 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.45 
 
 
299 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.11 
 
 
219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.84 
 
 
294 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.41 
 
 
210 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.18 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  37.85 
 
 
266 aa  128  8.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
206 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.3 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.94 
 
 
271 aa  125  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.49 
 
 
231 aa  124  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.01 
 
 
236 aa  123  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.52 
 
 
273 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.52 
 
 
273 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.52 
 
 
273 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.5 
 
 
281 aa  112  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.62 
 
 
192 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.33 
 
 
193 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.43 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.29 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.69 
 
 
204 aa  64.7  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.39 
 
 
264 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
295 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
205 aa  62.4  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
245 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.9 
 
 
294 aa  62  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.88 
 
 
210 aa  61.6  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.82 
 
 
201 aa  61.6  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  31.79 
 
 
206 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  30.46 
 
 
292 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.79 
 
 
193 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.82 
 
 
285 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.25 
 
 
336 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
341 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  30.14 
 
 
264 aa  59.7  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  33.33 
 
 
220 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  31.82 
 
 
433 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.71 
 
 
345 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.25 
 
 
346 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  31.82 
 
 
455 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  31.82 
 
 
455 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  31.82 
 
 
455 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>