246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1860 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
214 aa  429  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.19 
 
 
242 aa  250  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.39 
 
 
223 aa  245  4e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62 
 
 
220 aa  243  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.19 
 
 
211 aa  240  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.85 
 
 
226 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.76 
 
 
236 aa  235  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  58.29 
 
 
228 aa  231  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  60.2 
 
 
224 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59 
 
 
233 aa  228  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.67 
 
 
220 aa  228  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.82 
 
 
200 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.71 
 
 
225 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.65 
 
 
225 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  60.2 
 
 
229 aa  224  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  55.29 
 
 
232 aa  223  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.45 
 
 
220 aa  217  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.05 
 
 
216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.15 
 
 
223 aa  211  5.999999999999999e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.15 
 
 
223 aa  211  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.85 
 
 
232 aa  209  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.22 
 
 
225 aa  209  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  57.36 
 
 
212 aa  208  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  50.98 
 
 
228 aa  206  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  52.26 
 
 
207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  52.74 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.17 
 
 
214 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.54 
 
 
238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50 
 
 
215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  46.67 
 
 
224 aa  178  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.85 
 
 
221 aa  170  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.86 
 
 
221 aa  167  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.9 
 
 
228 aa  152  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.28 
 
 
233 aa  141  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.44 
 
 
228 aa  139  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.83 
 
 
226 aa  136  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.19 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  43.9 
 
 
299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.4 
 
 
226 aa  135  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.31 
 
 
244 aa  134  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.11 
 
 
219 aa  134  8e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.33 
 
 
226 aa  134  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.6 
 
 
240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.09 
 
 
276 aa  132  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  41.9 
 
 
235 aa  132  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.55 
 
 
262 aa  132  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.38 
 
 
251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.1 
 
 
217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.93 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.54 
 
 
299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.85 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.33 
 
 
186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.75 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.95 
 
 
230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.43 
 
 
253 aa  125  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.4 
 
 
291 aa  123  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.18 
 
 
271 aa  122  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.25 
 
 
268 aa  121  8e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.94 
 
 
301 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.26 
 
 
282 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.05 
 
 
236 aa  119  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.63 
 
 
217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.11 
 
 
294 aa  119  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.87 
 
 
284 aa  118  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  39.15 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.62 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.94 
 
 
206 aa  115  6e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  38.39 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.23 
 
 
273 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.23 
 
 
273 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.23 
 
 
273 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.67 
 
 
281 aa  105  6e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.5 
 
 
231 aa  101  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1768  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.31 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.86 
 
 
193 aa  72.4  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40 
 
 
204 aa  71.6  0.000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.93 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.62 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.51 
 
 
195 aa  68.2  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  42.97 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0119  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.51 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.09 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.83 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.23 
 
 
209 aa  62.8  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1992  hypothetical protein  35.61 
 
 
211 aa  62.4  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.770462  normal  0.123925 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1447  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.73 
 
 
200 aa  62.4  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  35.17 
 
 
210 aa  62  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.2 
 
 
264 aa  61.6  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.67 
 
 
304 aa  61.6  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1530  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.13 
 
 
237 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.929969  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2334  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.96 
 
 
219 aa  59.7  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.18 
 
 
194 aa  60.1  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.23 
 
 
190 aa  58.9  0.00000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1217  uracil-DNA glycosylase, family 4  38.46 
 
 
203 aa  58.9  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.303572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  37.68 
 
 
224 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07710  uracil-DNA glycosylase, family 4  35.25 
 
 
213 aa  57.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  34.67 
 
 
220 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  34.44 
 
 
455 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  34.44 
 
 
455 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>