262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2448 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
236 aa  484  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  66.82 
 
 
228 aa  296  2e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  66.35 
 
 
242 aa  285  4e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.79 
 
 
233 aa  281  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.9 
 
 
225 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.9 
 
 
226 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  66.17 
 
 
200 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  63.46 
 
 
224 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  61.14 
 
 
220 aa  265  7e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.94 
 
 
225 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  62.02 
 
 
229 aa  258  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.38 
 
 
223 aa  256  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.91 
 
 
220 aa  244  9.999999999999999e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.14 
 
 
223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.14 
 
 
223 aa  238  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.76 
 
 
214 aa  235  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  56.34 
 
 
228 aa  235  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  57.77 
 
 
218 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.76 
 
 
216 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.42 
 
 
220 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.59 
 
 
232 aa  223  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  54.41 
 
 
207 aa  223  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.78 
 
 
211 aa  222  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  54.98 
 
 
212 aa  221  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.17 
 
 
232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.83 
 
 
238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.9 
 
 
225 aa  211  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.7 
 
 
215 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52 
 
 
214 aa  204  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.15 
 
 
221 aa  178  7e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.15 
 
 
221 aa  175  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  45.58 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
228 aa  168  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.15 
 
 
228 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.14 
 
 
226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.36 
 
 
226 aa  144  9e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.03 
 
 
226 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.43 
 
 
186 aa  142  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.79 
 
 
312 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.73 
 
 
294 aa  140  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.2 
 
 
217 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.35 
 
 
299 aa  135  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.34 
 
 
233 aa  135  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.72 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.59 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  37.6 
 
 
266 aa  133  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.1 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.97 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40 
 
 
282 aa  129  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.24 
 
 
251 aa  129  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.35 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.28 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  38.68 
 
 
235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  40.48 
 
 
299 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.71 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.09 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.28 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.53 
 
 
240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.7 
 
 
217 aa  127  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.91 
 
 
301 aa  125  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.21 
 
 
268 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.84 
 
 
215 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.53 
 
 
236 aa  123  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.56 
 
 
210 aa  122  6e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.54 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.88 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  37.26 
 
 
266 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.72 
 
 
291 aa  118  7.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.69 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.68 
 
 
273 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.68 
 
 
273 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.68 
 
 
273 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.67 
 
 
281 aa  105  8e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.95 
 
 
209 aa  80.1  0.00000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.51 
 
 
192 aa  79.7  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.41 
 
 
193 aa  79.3  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.79 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.6 
 
 
193 aa  70.1  0.00000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.83 
 
 
380 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.96 
 
 
192 aa  67.8  0.0000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0798  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29 
 
 
217 aa  65.9  0.0000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.75 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.09 
 
 
264 aa  65.9  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.75 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07710  uracil-DNA glycosylase, family 4  36.36 
 
 
213 aa  64.7  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.62 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.75 
 
 
245 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0119  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.89 
 
 
191 aa  64.3  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0091  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  26.7 
 
 
216 aa  62  0.000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  34.01 
 
 
224 aa  62.4  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  36.97 
 
 
260 aa  62  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.33 
 
 
304 aa  61.6  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.44 
 
 
259 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.15 
 
 
263 aa  61.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.04 
 
 
285 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
253 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.75 
 
 
317 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
255 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.19 
 
 
194 aa  59.7  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.05 
 
 
341 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>