More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2825 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2825  hypothetical protein  100 
 
 
391 aa  767    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.727578 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2186  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  58.29 
 
 
491 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3827  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  46.49 
 
 
466 aa  153  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  47.77 
 
 
375 aa  149  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2174  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  41.58 
 
 
496 aa  146  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2923  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  42.78 
 
 
491 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0730038  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6430  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  40.89 
 
 
496 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.93663  normal  0.0295637 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5073  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  48.02 
 
 
484 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.459353  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4493  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  39.9 
 
 
496 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.733703  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6134  hypothetical protein  38.65 
 
 
168 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0376244 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0346  hypothetical protein  43.51 
 
 
159 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3365  thioesterase-like  37.87 
 
 
179 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  hitchhiker  0.00851583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6171  hypothetical protein  42.58 
 
 
159 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71120  hypothetical protein  42.58 
 
 
159 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.84981  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2025  thioesterase superfamily protein  36.71 
 
 
177 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.310445  normal  0.126574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4019  conserved hypothetical protein; putative thioesterase superfamily  36.71 
 
 
177 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.322437  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6305  bifunctional 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/thioesterase  49.51 
 
 
165 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3277  hypothetical protein  35.29 
 
 
176 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.567089  normal  0.787779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1423  hypothetical protein  38.96 
 
 
169 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.295066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5233  hypothetical protein  39.35 
 
 
158 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0385  hypothetical protein  36.67 
 
 
158 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2034  hypothetical protein  35.48 
 
 
184 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.773623  hitchhiker  0.00902465 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2737  hypothetical protein  32.08 
 
 
171 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0770  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  37.14 
 
 
326 aa  97.1  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0325  hypothetical protein  38.82 
 
 
158 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2919  hypothetical protein  37.33 
 
 
158 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.30598  normal  0.266429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4907  hypothetical protein  37.5 
 
 
156 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0583702 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0769  hypothetical protein  34.62 
 
 
158 aa  92.8  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3283  hypothetical protein  42.47 
 
 
163 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0384  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  36.42 
 
 
326 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4506  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  40 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.23371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0502  thioesterase-like protein  38 
 
 
158 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0301  hypothetical protein  35.53 
 
 
156 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.569297  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0517  hypothetical protein  33.77 
 
 
184 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3173  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  41.04 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0321  hypothetical protein  35.53 
 
 
156 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.163836 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4457  thioesterase-like protein  38.46 
 
 
162 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0730992  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4507  hypothetical protein  38.89 
 
 
169 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5042  hypothetical protein  39.85 
 
 
154 aa  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119922  normal  0.0790875 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3318  thioesterase-like  37.82 
 
 
162 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0744427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5049  thioesterase-like protein  37.82 
 
 
162 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4978  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  38.55 
 
 
321 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1956  hypothetical protein  39.88 
 
 
165 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0763  hypothetical protein  39.29 
 
 
165 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.288362  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0853  hypothetical protein  39.88 
 
 
165 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0984  hypothetical protein  39.88 
 
 
165 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.757206  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5235  thioesterase-like protein  37.18 
 
 
162 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0688  hypothetical protein  39.88 
 
 
165 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16240  predicted thioesterase  39.53 
 
 
144 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2438  hypothetical protein  34.36 
 
 
164 aa  88.2  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.395574  normal  0.244804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5234  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  39.08 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3590  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  39.08 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567872  normal  0.705999 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0825  hypothetical protein  38.89 
 
 
166 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.493019 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1018  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  36.16 
 
 
331 aa  87.8  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000578122  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3317  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  39.08 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148604  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4458  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  38.55 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0823096  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5050  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  39.08 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.533105  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4977  thioesterase-like protein  37.18 
 
 
162 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.603539  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2131  hypothetical protein  42.38 
 
 
160 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5148  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  40.48 
 
 
318 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08413  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1846  thioesterase, putative  39.29 
 
 
165 aa  86.7  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5041  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase family protein  40.94 
 
 
317 aa  86.7  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151955  normal  0.0566576 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0493  hypothetical protein  42.38 
 
 
160 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0613  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.93 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0614  thioesterase-like  36.54 
 
 
162 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3591  thioesterase-like protein  36.54 
 
 
162 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.479418  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1847  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  38.2 
 
 
331 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0852  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  38.2 
 
 
348 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1341  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  38.62 
 
 
329 aa  84  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16250  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  39.04 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4906  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  36.78 
 
 
321 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0996568 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1342  thioesterase superfamily protein  42.11 
 
 
150 aa  83.6  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5232  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  36.78 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0246648 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0326  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  35.63 
 
 
321 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0762  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.64 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0302  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  35.06 
 
 
321 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2130  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.64 
 
 
331 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1395  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  39.04 
 
 
317 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00339633  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3966  thioesterase-like protein  35.76 
 
 
165 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7698  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  37.76 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3172  hypothetical protein  39.22 
 
 
161 aa  80.9  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3967  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.266339 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1019  hypothetical protein  32.16 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0102733  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0985  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.760678  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3284  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  36.21 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1957  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2360  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase family protein  33.52 
 
 
321 aa  79.3  0.00000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2807  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase family protein  34.92 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.72088  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0492  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 
331 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0689  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 
331 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0322  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  34.64 
 
 
321 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.124273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6172  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  37.36 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2918  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  34.48 
 
 
318 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16512  normal  0.0921183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71140  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  36.78 
 
 
321 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6457  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  34.3 
 
 
316 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0072  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  34.5 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.867637  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4290  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  32.39 
 
 
345 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4508  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  33.33 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2741  thioesterase, FcbC-like  35.04 
 
 
168 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0763545 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2779  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  33.53 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>