More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1597 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1597  spermidine/putrescine import ATP-binding protein  100 
 
 
355 aa  722    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0206589  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2400  ABC transporter related  64.54 
 
 
358 aa  449  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.511263  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1644  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  65.56 
 
 
357 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0015  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  65.56 
 
 
365 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  65.28 
 
 
365 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.051022  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4066  ABC transporter related  61.58 
 
 
379 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.549495  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50.45 
 
 
376 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2941  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.39 
 
 
388 aa  305  7e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.31 
 
 
354 aa  298  9e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.49 
 
 
359 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2400  ABC putrescine transporter, ATPase subunit  49.85 
 
 
334 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.92 
 
 
381 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  52.74 
 
 
377 aa  297  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.63 
 
 
356 aa  296  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.62 
 
 
381 aa  296  5e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.68 
 
 
361 aa  293  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  48.69 
 
 
363 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.31 
 
 
379 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.34 
 
 
382 aa  288  1e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 
380 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.77 
 
 
380 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.34 
 
 
380 aa  286  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1366  putative putrescine transport ATP-binding protein  46.56 
 
 
373 aa  285  5.999999999999999e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2426  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.31 
 
 
382 aa  285  7e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.444349  normal  0.105607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6838  putrescine ABC transporter ATP-binding protein  47.85 
 
 
393 aa  285  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.840617  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3041  ABC permidine/putrescine transporter, ATPase subunit  47.28 
 
 
365 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04250  putative ATP-binding component of ABC transporter  47.34 
 
 
349 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  47.8 
 
 
359 aa  281  9e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0872  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  48.26 
 
 
385 aa  281  1e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.47 
 
 
384 aa  281  1e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  47.38 
 
 
382 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.14 
 
 
447 aa  281  2e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1017  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.89 
 
 
388 aa  280  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5739  ABC transporter-related protein  47.16 
 
 
348 aa  281  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.23 
 
 
358 aa  280  3e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1904  ATP-binding component of putrescine transport system  46.57 
 
 
371 aa  280  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.188633  normal  0.381059 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  47.26 
 
 
373 aa  279  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3768  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.99 
 
 
365 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.8 
 
 
377 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1735  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.7 
 
 
368 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000353928 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3954  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  48.02 
 
 
381 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  50.71 
 
 
527 aa  276  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2401  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.57 
 
 
355 aa  276  3e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.37 
 
 
382 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0982  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.4 
 
 
363 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.09 
 
 
366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1430  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.7 
 
 
382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.444326  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3522  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.58 
 
 
384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.185536 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.44 
 
 
381 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.96 
 
 
352 aa  273  3e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00860  putrescine transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  42.37 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0958  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.37 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2787  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.37 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6773  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.77 
 
 
363 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.78331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  49.7 
 
 
381 aa  273  5.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0883  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.66 
 
 
377 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.898473  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1011  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.66 
 
 
377 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.512048 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2741  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.37 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.252768  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00866  hypothetical protein  42.37 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.07 
 
 
346 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2476  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.66 
 
 
377 aa  272  7e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.615862  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3075  ABC transporter related  44.88 
 
 
357 aa  272  8.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0239  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  54.29 
 
 
402 aa  271  9e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.986406  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4565  ABC transporter related  44.48 
 
 
361 aa  271  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.155575 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4639  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.54 
 
 
380 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1369  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.18 
 
 
377 aa  271  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4710  ABC transporter related  44.07 
 
 
359 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0388309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7092  ABC transporter related  44.03 
 
 
387 aa  271  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106736  normal  0.0652962 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.49 
 
 
370 aa  271  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0927  putrescine transporter ATP-binding subunit  41.81 
 
 
377 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1646  putrescine transporter ATP-binding subunit  41.78 
 
 
377 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.103128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.04 
 
 
374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0823  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.22 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4252  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.49 
 
 
367 aa  270  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.44 
 
 
360 aa  270  4e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.89 
 
 
343 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1031  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.34 
 
 
377 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1646  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.96 
 
 
363 aa  269  5.9999999999999995e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.18 
 
 
380 aa  269  5.9999999999999995e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5504  ABC transporter related  48.25 
 
 
346 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.03 
 
 
395 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5124  ABC transporter related  48.25 
 
 
346 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0915  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.34 
 
 
377 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0951  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.34 
 
 
377 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5213  ABC transporter related  48.25 
 
 
346 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135781  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4194  ABC transporter related  44.67 
 
 
361 aa  268  8e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.812216  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1012  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.34 
 
 
377 aa  268  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471128  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4672  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  42.9 
 
 
376 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.19 
 
 
337 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1083  ABC transporter related  48.09 
 
 
347 aa  268  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.757107 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  44.51 
 
 
328 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.56 
 
 
369 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1062  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.31 
 
 
387 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0939  ABC putrescine transporter, ATPase subunit PotG  45.17 
 
 
387 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301968  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.71 
 
 
383 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2385  putrescine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2286  putrescine transporter ATP-binding subunit  41.27 
 
 
377 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0983  putrescine transporter ATP-binding subunit  42.34 
 
 
377 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244699  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.68 
 
 
345 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.35 
 
 
349 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>