More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0546 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0546  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate import ATP-binding protein ugpC  100 
 
 		 338 aa  686    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3481  ABC transporter related  55.75 
 
 		 352 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2355  ABC transporter related  58.58 
 
 		 333 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3447  ABC transporter related  57.1 
 
 		 332 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5741  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  53.07 
 
 		 365 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3749  ABC transporter related  57.4 
 
 		 332 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3570  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sorbitol/mannitol)  55.49 
 
 		 332 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2637  ABC transporter-like  53.2 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4178  ABC transporter related  56.8 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0491577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1250  ABC transporter related  55.36 
 
 		 351 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440423 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3796  ABC transporter related  56.51 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.680907 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4471  ABC transporter related  53.48 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.571235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1287  ABC transporter related  52.96 
 
 		 338 aa  364  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4975  ABC transporter related  50.99 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3677  ABC sugar transporter, ATPase subunit  53.85 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0135  ABC transporter-related protein  53.35 
 
 		 350 aa  361  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.370225 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0454  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  52.8 
 
 		 333 aa  361  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3412  ABC transporter related  53.85 
 
 		 359 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3840  ABC transporter related  53.98 
 
 		 351 aa  359  3e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0428  ABC transporter related  56.93 
 
 		 334 aa  360  3e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.370162  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2007  ABC transporter related  52.82 
 
 		 367 aa  359  4e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0851  ABC transporter related  52.79 
 
 		 368 aa  358  7e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.236599 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3550  ABC transporter related  53.39 
 
 		 333 aa  358  7e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0971  ABC transporter related  55.65 
 
 		 334 aa  358  8e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.103941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0094  ABC sorbitol/mannitol transporter, ATPase subunit  54.73 
 
 		 332 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3780  ABC transporter related  54.44 
 
 		 332 aa  357  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.567955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0228  ABC transporter related  52.1 
 
 		 353 aa  358  9.999999999999999e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1730  ABC transporter related  54.44 
 
 		 332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0521  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  52.21 
 
 		 333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0208904  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2460  ABC transporter related  55.03 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1091  ABC transporter related  51.4 
 
 		 364 aa  356  2.9999999999999997e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603928 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0918  putative ABC transporter, ATP-binding protein  55.33 
 
 		 335 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574216  normal  0.941858 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4119  ABC transporter related  53.73 
 
 		 338 aa  355  5e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.430229  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2437  ABC transporter:TOBE  50.7 
 
 		 368 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.274742  hitchhiker  0.00997212 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3753  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 		 351 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0739  ABC transporter related  51.94 
 
 		 361 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2902  ABC transporter related  53.98 
 
 		 333 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1098  ABC transporter related  52.27 
 
 		 352 aa  352  5.9999999999999994e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1684  ABC transporter related  55.33 
 
 		 332 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.980555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2710  ABC transporter related  52.07 
 
 		 333 aa  351  8e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0237  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  51.14 
 
 		 357 aa  351  8.999999999999999e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.35763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2642  ABC transporter related  53.98 
 
 		 334 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00146176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3776  ABC transporter related  51.4 
 
 		 360 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3427  ABC transporter related  53.37 
 
 		 349 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7338  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  52.66 
 
 		 332 aa  350  3e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.016848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0975  ABC transporter related protein  51.39 
 
 		 361 aa  349  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0658  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  52.15 
 
 		 351 aa  348  5e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143884  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0183  ABC transporter related  48.73 
 
 		 359 aa  348  5e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0620  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  52.15 
 
 		 351 aa  348  5e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1353  ABC transporter related  51.92 
 
 		 344 aa  348  6e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.275168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3556  ABC transporter related  52.91 
 
 		 370 aa  348  8e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0802709  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2905  ABC transporter related  54.57 
 
 		 334 aa  348  9e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.125819 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2614  ABC transporter related  53.91 
 
 		 376 aa  347  1e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1025  ABC transporter related  52.53 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0231  ABC transporter related  52.47 
 
 		 363 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.280397  normal  0.470705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2038  ABC transporter related  51.66 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0539483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27370  ATP-binding protein of mannitol ABC transporter  50.97 
 
 		 369 aa  345  4e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3556  ABC transporter related  51 
 
 		 359 aa  346  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4842  ABC transporter related  53.25 
 
 		 332 aa  346  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3925  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.86 
 
 		 356 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0636  ABC transporter related  53.63 
 
 		 380 aa  345  6e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0120  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  51.71 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3579  hypothetical protein  53.56 
 
 		 354 aa  345  8e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3858  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  51.14 
 
 		 358 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3866  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  50 
 
 		 356 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3756  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.58 
 
 		 356 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3707  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  52.15 
 
 		 349 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6393  ABC transporter related  50.7 
 
 		 355 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3823  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.02 
 
 		 356 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4120  sn-glycerol 3-phosphate ABC transporter ATP-binding protein  50.28 
 
 		 366 aa  342  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0441125  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0163  ABC transporter related  50.14 
 
 		 369 aa  342  5e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5360  ABC transporter related  51.67 
 
 		 368 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0987368  normal  0.364959 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5080  ABC transporter related  51.94 
 
 		 368 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2469  ABC transporter related  53.69 
 
 		 330 aa  342  5.999999999999999e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3400  ABC transporter related  52.96 
 
 		 336 aa  342  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2583  ABC transporter related  50.29 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0115601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3745  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.71 
 
 		 356 aa  342  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1688  ABC transporter related  50.71 
 
 		 357 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350685  normal  0.966803 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0714  ABC transporter related  50.56 
 
 		 363 aa  341  9e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4042  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  51.28 
 
 		 358 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0946  ABC transporter related  50 
 
 		 366 aa  340  1e-92  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.309285 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1888  ABC transporter related  50.98 
 
 		 359 aa  341  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2512 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0359  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  51.86 
 
 		 368 aa  341  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34370  putative ATP-binding component of ABC maltose/mannitol transporter  50.28 
 
 		 370 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0529926  normal  0.319042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1357  ABC transporter related  54.31 
 
 		 349 aa  341  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.237797  normal  0.591825 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06399  hypothetical protein  51.44 
 
 		 385 aa  340  1e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3853  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.44 
 
 		 356 aa  340  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.609605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3127  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  51.23 
 
 		 371 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.507344  normal  0.0367052 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2957  ABC transporter related  51.67 
 
 		 360 aa  340  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.789478  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0662  ABC transporter related  50 
 
 		 366 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2011  ABC transporter ATP-binding protein  50.14 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0583753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5708  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  50.28 
 
 		 366 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2066  ABC transporter related  52.29 
 
 		 349 aa  339  2.9999999999999998e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.0289677 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6115  ABC transporter related  50.41 
 
 		 360 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4348  ABC transporter related  50 
 
 		 358 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012327 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4019  ABC transporter related  50.28 
 
 		 358 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3928  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  48.46 
 
 		 356 aa  339  4e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1322  ABC transporter related protein  51.1 
 
 		 360 aa  339  4e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4322  ABC transporter related protein  48.87 
 
 		 378 aa  339  4e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.253328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2943  ABC transporter related  53.39 
 
 		 333 aa  339  4e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>