More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0166 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  100 
 
 		 318 aa  615  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  59.62 
 
 		 331 aa  334  2e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  54.55 
 
 		 325 aa  314  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  52.66 
 
 		 324 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  52.04 
 
 		 324 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  51.38 
 
 		 324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  42.99 
 
 		 331 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  42.55 
 
 		 332 aa  221  9e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.55 
 
 		 332 aa  221  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  45.96 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  45.37 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  43.79 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.41 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  40.85 
 
 		 341 aa  202  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  41.03 
 
 		 333 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.71 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  40.61 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  42.64 
 
 		 347 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.62 
 
 		 519 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.67 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.57 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  41.21 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.16 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.24 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.36 
 
 		 340 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  41.1 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.52 
 
 		 353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.21 
 
 		 356 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.59 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.74 
 
 		 352 aa  186  6e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  40.37 
 
 		 336 aa  186  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  37.5 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.25 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  36.09 
 
 		 331 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.64 
 
 		 339 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.53 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  39.57 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  40.43 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.06 
 
 		 339 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  38.48 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.41 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  39.57 
 
 		 331 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.91 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  37.85 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  36.8 
 
 		 354 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.67 
 
 		 335 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  41.04 
 
 		 337 aa  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.34 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.95 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.95 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.73 
 
 		 344 aa  170  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  41.47 
 
 		 344 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.11 
 
 		 333 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  35.71 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  38.63 
 
 		 327 aa  169  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  35.95 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.95 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 		 350 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  42.64 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  39.1 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.04 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  38.62 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.24 
 
 		 350 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  36.7 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  32.94 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  34.1 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.44 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.54 
 
 		 343 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  31.13 
 
 		 372 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  35.37 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  35.52 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  34.34 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  29.79 
 
 		 344 aa  125  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.9 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  29.41 
 
 		 365 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  27.87 
 
 		 852 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.14 
 
 		 399 aa  97.4  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.2 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.69 
 
 		 379 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  25.21 
 
 		 366 aa  94  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.1 
 
 		 370 aa  92.4  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.5 
 
 		 360 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  30.36 
 
 		 361 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0869  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.52 
 
 		 358 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0484  cobyric acid synthase  28.82 
 
 		 864 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1104  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  28.26 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1737  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.38 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0451969 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01832  histidinol-phosphate aminotransferase  38.28 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003847  histidinol-phosphate aminotransferase  35.44 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02741  aminotransferases class-I  24.73 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02161  aminotransferase class-I  23.86 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1565  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  24.73 
 
 		 360 aa  79  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2208  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  25 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3679  cobyric acid synthase CobQ  26.44 
 
 		 863 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>