More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4599 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
339 aa  699    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.31 
 
 
339 aa  455  1e-127  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.42 
 
 
342 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.23 
 
 
341 aa  425  1e-118  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.13 
 
 
345 aa  422  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  58.46 
 
 
338 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  58.16 
 
 
338 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.47 
 
 
355 aa  357  9.999999999999999e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.64 
 
 
339 aa  299  4e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.3 
 
 
354 aa  266  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.48 
 
 
352 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.53 
 
 
680 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.89 
 
 
352 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.41 
 
 
368 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.59 
 
 
352 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
354 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.42 
 
 
367 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
373 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.82 
 
 
363 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 
672 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.11 
 
 
369 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.71 
 
 
672 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
685 aa  236  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
669 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.35 
 
 
363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
684 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.58 
 
 
364 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
351 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.52 
 
 
355 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
342 aa  162  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
355 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
313 aa  159  7e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
309 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
369 aa  157  3e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
310 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
302 aa  151  2e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
352 aa  151  2e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
358 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
329 aa  139  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
353 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
306 aa  137  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
353 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
322 aa  136  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
303 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
312 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
309 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
316 aa  135  8e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  30.56 
 
 
326 aa  133  3e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
329 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
333 aa  132  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
296 aa  133  6e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  28.99 
 
 
302 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
358 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
353 aa  132  7.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.25 
 
 
371 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
357 aa  129  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
314 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
330 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  29.53 
 
 
360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 
328 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
292 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
292 aa  126  5e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.97 
 
 
358 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
325 aa  126  6e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.96 
 
 
318 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.61 
 
 
292 aa  125  7e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.27 
 
 
307 aa  125  7e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
355 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
328 aa  125  9e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.68 
 
 
361 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  30.41 
 
 
319 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.68 
 
 
361 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
317 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.97 
 
 
357 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.68 
 
 
361 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.68 
 
 
361 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>