More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3158 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 225 aa  460  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.44 
 
 		 225 aa  351  7e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  58.56 
 
 		 225 aa  275  3e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  51.32 
 
 		 231 aa  249  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 224 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  45.09 
 
 		 225 aa  225  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  45.98 
 
 		 224 aa  222  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 224 aa  215  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 227 aa  211  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 223 aa  202  5e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  42.6 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  35.29 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 226 aa  161  8.000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  35.14 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.08 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.08 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 224 aa  148  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.4 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0142  DNA-binding response regulator  35.87 
 
 		 231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.4 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.4 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  38.12 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0985  DNA-binding response regulator CiaR  32.29 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.447626  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 222 aa  145  7.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  36.77 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 		 233 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  37.66 
 
 		 229 aa  142  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0523  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 229 aa  141  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.52 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.52 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.52 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  35.84 
 
 		 249 aa  141  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.52 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  36.52 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  34.68 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  36.52 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.52 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.38 
 
 		 232 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  37.17 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4786  DNA-binding response regulator  37.39 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1701  DNA-binding response regulator  34.53 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00672994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2714  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 221 aa  139  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4781  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1845  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  33.93 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  35.68 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 223 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  35.4 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  35.4 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.59 
 
 		 222 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 220 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.36 
 
 		 226 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  36.36 
 
 		 226 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4016  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.71 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.727043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3016  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2356  DNA-binding response regulator  35.5 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.020915  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  34.06 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  32.59 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1433  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>