More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0169 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
110 aa  220  6e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.6 
 
 
112 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.03 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.03 
 
 
113 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  33.94 
 
 
119 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.24 
 
 
119 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  35.14 
 
 
115 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.44 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
107 aa  65.5  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  39.6 
 
 
111 aa  65.1  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.45 
 
 
119 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.55 
 
 
112 aa  60.8  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.48 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.48 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
155 aa  58.2  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
111 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  30.77 
 
 
148 aa  55.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  30.19 
 
 
147 aa  55.1  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  30.19 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48 
 
 
283 aa  54.7  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  30.77 
 
 
148 aa  54.7  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.46 
 
 
115 aa  53.9  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3066  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.91 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.446011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.35 
 
 
146 aa  53.9  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.65 
 
 
133 aa  53.9  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.32 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  48.15 
 
 
118 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  29.03 
 
 
243 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  29.67 
 
 
151 aa  52.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  29.91 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  31.52 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  31.52 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  27.68 
 
 
148 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.98 
 
 
114 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
145 aa  53.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  39.02 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  29.82 
 
 
243 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  29.82 
 
 
243 aa  52  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  29.82 
 
 
243 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.01 
 
 
104 aa  52.8  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  28.57 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  27.47 
 
 
151 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  27.47 
 
 
151 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.56 
 
 
152 aa  51.6  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  27.47 
 
 
182 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  29.03 
 
 
243 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.77 
 
 
118 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 
121 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  33.98 
 
 
117 aa  51.2  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  28.1 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  27.47 
 
 
156 aa  51.2  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  27.42 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  25 
 
 
147 aa  51.2  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  29.35 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  29.35 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.47 
 
 
147 aa  50.4  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
139 aa  50.4  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.84 
 
 
139 aa  50.8  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
111 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  37.04 
 
 
111 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  37.04 
 
 
111 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.04 
 
 
257 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  33.63 
 
 
154 aa  50.4  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.63 
 
 
154 aa  50.4  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  28.1 
 
 
243 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
120 aa  50.4  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  26.37 
 
 
151 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.35 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  32.35 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.02 
 
 
136 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.98 
 
 
154 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.3 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.35 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  26.37 
 
 
152 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
275 aa  49.7  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
243 aa  50.1  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.41 
 
 
109 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>