More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1600 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1600  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  448  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000237714  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2827  two component transcriptional regulator  57.66 
 
 		 230 aa  274  8e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2563  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.1 
 
 		 230 aa  245  4e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  54.09 
 
 		 225 aa  244  8e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  52.19 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 219 aa  231  5e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000555295  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.47 
 
 		 238 aa  212  3.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 229 aa  202  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 226 aa  201  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 230 aa  201  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  53.28 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.79 
 
 		 230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 230 aa  198  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.34 
 
 		 235 aa  198  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  47.73 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 225 aa  194  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2201  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 242 aa  194  7e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.153982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.87 
 
 		 237 aa  194  7e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 225 aa  192  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2257  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.512842  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 231 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 234 aa  191  7e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 231 aa  191  7e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 227 aa  191  8e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  45.09 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.06 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  44.84 
 
 		 229 aa  190  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  43.35 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.7 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.56 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 239 aa  188  5e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  47.39 
 
 		 235 aa  188  5e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 226 aa  188  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 226 aa  188  5.999999999999999e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  41.59 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  42.79 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0719  DNA-binding response regulator  44.59 
 
 		 236 aa  185  4e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0951718  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 230 aa  185  4e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 239 aa  185  5e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.54 
 
 		 229 aa  185  5e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  43.23 
 
 		 256 aa  185  5e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 234 aa  184  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  45.37 
 
 		 234 aa  184  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  185  6e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 226 aa  184  7e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 236 aa  184  7e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  42.29 
 
 		 229 aa  184  9e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  184  9e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.36 
 
 		 226 aa  183  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  42.47 
 
 		 223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 234 aa  183  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  48.42 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  45.49 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5477  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  43.75 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48520  phosphate regulon response regulator; PhoB  44.2 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0667889  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5228  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.661336  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5367  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.400776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>