More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6757 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  620  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 298 aa  352  4e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 303 aa  89  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  23.49 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  22.99 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  22.96 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  23.33 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  20.87 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  22.59 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  23.99 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  23.43 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  24.56 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2058  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.23 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.47 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.34 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.62 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.38 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  25.19 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.62 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.62 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.81 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.81 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.81 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.81 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.81 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  24.91 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  23.75 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  20.99 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>