More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5635 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  584  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  48.18 
 
 		 281 aa  272  6e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  45.85 
 
 		 285 aa  263  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 275 aa  238  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  39.65 
 
 		 288 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  30.86 
 
 		 279 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  33.06 
 
 		 275 aa  142  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  29.3 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  24.28 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 1201 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 532 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  21.2 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.74 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 292 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 546 aa  66.6  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 550 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 485 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 462 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  35.9 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 773 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  30.09 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 369 aa  64.7  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 350 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 531 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  35.09 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  21.29 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 336 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 529 aa  62.4  0.000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 409 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 359 aa  62.4  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.57 
 
 		 360 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 766 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  37.93 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  29.76 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 386 aa  62  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 193 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  29.76 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 120 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  30.39 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  20.3 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 600 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 513 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  34.88 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  20.3 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 517 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  27.07 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>