More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0270 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  58.11 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 300 aa  352  4e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.31 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  24.52 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  27.69 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 308 aa  68.9  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  26.63 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  26.7 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  22.65 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0686  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  23.49 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  24.52 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 300 aa  65.5  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  28.44 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  25.19 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  24.81 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  22.9 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  22.05 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  22.18 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  23.2 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  22.58 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  25.38 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  24.15 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  26.9 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>