More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3472 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  100 
 
 
275 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.72 
 
 
270 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.65 
 
 
280 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 
275 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.33 
 
 
275 aa  291  6e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
275 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.99 
 
 
274 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.02 
 
 
275 aa  275  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  54.75 
 
 
282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
279 aa  273  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
275 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  56.73 
 
 
289 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  56.73 
 
 
289 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  56.73 
 
 
279 aa  271  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.73 
 
 
272 aa  269  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.47 
 
 
274 aa  268  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.88 
 
 
272 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.96 
 
 
278 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.96 
 
 
278 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  50.18 
 
 
302 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
279 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
302 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.67 
 
 
279 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.72 
 
 
278 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  53.28 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  54.24 
 
 
282 aa  261  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
281 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
281 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
281 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
282 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
281 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.62 
 
 
272 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  54.24 
 
 
282 aa  261  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.12 
 
 
278 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
278 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
273 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 
279 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.98 
 
 
273 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  55.56 
 
 
276 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  55.13 
 
 
276 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.13 
 
 
317 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.13 
 
 
317 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.27 
 
 
278 aa  255  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.61 
 
 
391 aa  251  7e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.44 
 
 
279 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.8 
 
 
284 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.9 
 
 
302 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  54.7 
 
 
272 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  57.34 
 
 
275 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
311 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56 
 
 
278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
274 aa  232  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
278 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
284 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.21 
 
 
281 aa  221  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
337 aa  218  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
261 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
264 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.23 
 
 
258 aa  205  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.95 
 
 
242 aa  201  8e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
261 aa  198  9e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
262 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
275 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.34 
 
 
279 aa  178  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
268 aa  178  9e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
276 aa  175  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
261 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
272 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
597 aa  168  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
591 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
596 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.12 
 
 
267 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
606 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
269 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  33.73 
 
 
267 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
268 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  42.34 
 
 
259 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
268 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
269 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
264 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.69 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  32.93 
 
 
265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
264 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
281 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
588 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
265 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  35.65 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  39.73 
 
 
258 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
587 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.91 
 
 
264 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>