More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6386 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6089  transcriptional regulator  96.17 
 
 		 470 aa  854    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6135  GntR family transcriptional regulator  81.29 
 
 		 469 aa  741    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3552  transcriptional regulator  80.65 
 
 		 469 aa  713    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.55949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6987  transcriptional regulator  82.4 
 
 		 469 aa  721    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6386  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 470 aa  935    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.157204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4344  GntR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 476 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.266344  normal  0.249969 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5632  transcriptional regulator  54.51 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3960  transcriptional regulator  50.95 
 
 		 586 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473267 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5165  GntR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 469 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.469019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1062  MocR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 473 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2903  GntR family transcriptional regulator  50.43 
 
 		 497 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 470 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.07 
 
 		 471 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  41.99 
 
 		 472 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3945  transcriptional regulator  44.59 
 
 		 476 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 478 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  39.32 
 
 		 476 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1580  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 505 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5788  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 496 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5644  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.11 
 
 		 481 aa  306  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 496 aa  306  7e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5559  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 498 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0024  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.09 
 
 		 473 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0173306 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4350  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.11 
 
 		 509 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.73766 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2950  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.91 
 
 		 444 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.130328  normal  0.0175968 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3108  GntR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 444 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.552212  normal  0.675979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2919  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.91 
 
 		 444 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2985  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 444 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.12333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3915  transcriptional regulator, GntR family  37.86 
 
 		 444 aa  299  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0753496 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3002  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 444 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00227723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 473 aa  298  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 444 aa  292  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0609  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.09 
 
 		 514 aa  283  6.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1588  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 485 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104897  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0497  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 463 aa  274  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 501 aa  273  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4072  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 458 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  37.05 
 
 		 488 aa  267  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  38.45 
 
 		 520 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 492 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 509 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.79 
 
 		 501 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 490 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.17 
 
 		 497 aa  262  8.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  37.19 
 
 		 509 aa  262  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 508 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5015  transcriptional regulator  39.7 
 
 		 502 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.301985  normal  0.695664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 499 aa  261  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 492 aa  260  3e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  38.43 
 
 		 516 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 509 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 481 aa  259  6e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 492 aa  259  7e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3109  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 502 aa  259  8e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5258  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 502 aa  259  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.04 
 
 		 495 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 509 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 492 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 494 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 494 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0395  GntR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 497 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382669 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 516 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.68 
 
 		 497 aa  257  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 507 aa  257  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 494 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 517 aa  255  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.03 
 
 		 504 aa  253  7e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 569 aa  252  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  34 
 
 		 495 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5048  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 502 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528927 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0661  transcriptional regulator  39.48 
 
 		 513 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2189  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 499 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199182  hitchhiker  0.00899301 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.5 
 
 		 500 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.06 
 
 		 489 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.87 
 
 		 507 aa  250  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 494 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 489 aa  249  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2202  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 488 aa  249  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1910  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.48 
 
 		 494 aa  248  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.279247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 485 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 494 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 486 aa  247  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.58 
 
 		 507 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  35.39 
 
 		 503 aa  247  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 507 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 503 aa  245  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 507 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  35.9 
 
 		 507 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  32.75 
 
 		 501 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 507 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 507 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 485 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 501 aa  245  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.87 
 
 		 515 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 501 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  36.17 
 
 		 485 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>