More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1775 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  94.61 
 
 
371 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  92.45 
 
 
371 aa  692    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  93.8 
 
 
371 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1748  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  99.19 
 
 
371 aa  733    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.572248  normal  0.0590997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1775  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  100 
 
 
371 aa  740    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  93.8 
 
 
371 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  92.18 
 
 
371 aa  671    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  74.59 
 
 
370 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  71.62 
 
 
370 aa  544  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  71.08 
 
 
370 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.95 
 
 
370 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.97 
 
 
368 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.05 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.24 
 
 
368 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  57.84 
 
 
370 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  56.4 
 
 
370 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  50 
 
 
369 aa  339  4e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  50.68 
 
 
372 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  50.82 
 
 
372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.51 
 
 
374 aa  336  5e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  50.41 
 
 
367 aa  331  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.92 
 
 
371 aa  329  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.84 
 
 
370 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0119  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  44.02 
 
 
380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.156608 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1087  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  40.49 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.607916  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4115  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  39.75 
 
 
443 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2228  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  39.06 
 
 
440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0536  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.84 
 
 
398 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13712  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  31.37 
 
 
290 aa  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0531  alpha/beta hydrolase fold protein  31.88 
 
 
273 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0345  dihydrolipoamide acetyltransferase  48.91 
 
 
450 aa  99.8  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
291 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
291 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
291 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0317  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  48.39 
 
 
99 aa  97.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.137506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1572  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  36.4 
 
 
461 aa  97.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4111  alpha/beta hydrolase fold protein  28.89 
 
 
288 aa  97.1  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0346007  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1306  alpha/beta hydrolase fold  32.81 
 
 
276 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258208  normal  0.0573899 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4141  alpha/beta hydrolase fold  32.44 
 
 
286 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0556153  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  29.54 
 
 
277 aa  95.1  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  30.89 
 
 
309 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  32.44 
 
 
286 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1026  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  46.49 
 
 
450 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.138637  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  29.92 
 
 
278 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  31.3 
 
 
287 aa  94  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
284 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  34.23 
 
 
302 aa  93.6  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  32.94 
 
 
274 aa  93.2  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  29.64 
 
 
283 aa  93.2  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3452  alpha/beta hydrolase fold  27.86 
 
 
311 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156566  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  32.41 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
289 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  28.46 
 
 
296 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  23.57 
 
 
277 aa  91.3  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  31.1 
 
 
304 aa  90.5  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  30.82 
 
 
290 aa  90.1  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
290 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5307  alpha/beta hydrolase fold  29.37 
 
 
295 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224347 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06730  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  34.3 
 
 
343 aa  89.7  7e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  31.91 
 
 
314 aa  89.4  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2956  Alpha/beta hydrolase  33.33 
 
 
275 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419373  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0537  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  27.88 
 
 
292 aa  88.2  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.169084  normal  0.40861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4708  alpha/beta hydrolase fold  30.59 
 
 
299 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  29.18 
 
 
278 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  27.38 
 
 
286 aa  87.8  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4794  alpha/beta hydrolase fold  30.59 
 
 
299 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3037  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.32 
 
 
437 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.751697  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5093  alpha/beta hydrolase fold  30.59 
 
 
299 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.284245 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12729  hydrolase  30.86 
 
 
341 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1464  alpha/beta hydrolase fold  29.92 
 
 
294 aa  87  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  33.94 
 
 
264 aa  87  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3543  alpha/beta hydrolase fold  29.59 
 
 
268 aa  86.7  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.447096  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  33.73 
 
 
361 aa  86.3  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0986  alpha/beta hydrolase fold protein  31.02 
 
 
279 aa  86.7  7e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.900551 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13602  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase bphD  29.3 
 
 
291 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.552922 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  28.73 
 
 
312 aa  86.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  30.08 
 
 
287 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  29.92 
 
 
293 aa  85.9  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0161559  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  31.03 
 
 
294 aa  86.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  31.25 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2400  alpha/beta hydrolase fold  28.74 
 
 
288 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4748  alpha/beta hydrolase fold  30.65 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.259792  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1108  alpha/beta hydrolase fold  30.52 
 
 
246 aa  85.1  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00367251  hitchhiker  0.00365287 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3344  alpha/beta hydrolase fold  32.68 
 
 
289 aa  84.3  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  29.56 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  31.05 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0592  alpha/beta hydrolase fold  32.71 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2161  alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
340 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170083  hitchhiker  0.00519685 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4621  alpha/beta hydrolase fold  31.25 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3545  alpha/beta hydrolase fold protein  31.25 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158387  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  29.79 
 
 
276 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2172  alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0837  putative esterase  28.29 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2218  alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.158046  normal  0.0966577 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1693  hydrolase, alpha/beta fold family  33.73 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.210784 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  32.73 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  29.92 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  29.64 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4183  alpha/beta hydrolase fold  28.98 
 
 
279 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.221808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>