More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7529 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7529  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  100 
 
 		 541 aa  1113    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.31279  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3996  extracellular solute-binding protein family 5  65.46 
 
 		 536 aa  720    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.70207  normal  0.0901295 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6358  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6256  extracellular solute-binding protein  31.77 
 
 		 522 aa  232  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0461  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 520 aa  223  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3920  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 523 aa  219  8.999999999999998e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.407855  normal  0.0244216 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5556  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 522 aa  217  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.662967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7148  extracellular solute-binding protein  32.31 
 
 		 531 aa  212  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0874465 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3398  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 		 528 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3291  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 519 aa  206  7e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4214  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 481 aa  206  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.329164  normal  0.433493 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4222  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 		 521 aa  202  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2981  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 527 aa  197  5.000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4213  4-phytase  31.44 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.798604  normal  0.63897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3464  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 529 aa  183  8.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.739249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4852  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 525 aa  182  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213679  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 538 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 521 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 508 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 517 aa  133  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 		 551 aa  132  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  29.62 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  29.62 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  29.62 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  29.62 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.69 
 
 		 520 aa  130  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 527 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 503 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  29.35 
 
 		 512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 520 aa  127  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  28.94 
 
 		 560 aa  127  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 500 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.9 
 
 		 513 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 		 513 aa  125  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.98 
 
 		 516 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.7 
 
 		 508 aa  123  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 544 aa  122  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  26.71 
 
 		 540 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 520 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 520 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 520 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0112  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 506 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.876976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 540 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  25.8 
 
 		 518 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 520 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  25.47 
 
 		 523 aa  120  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 517 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 512 aa  120  9e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4716  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 		 533 aa  120  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 520 aa  118  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 493 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 544 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 531 aa  117  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 512 aa  116  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.95 
 
 		 532 aa  116  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 509 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 		 516 aa  116  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  26.81 
 
 		 520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.64 
 
 		 546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.41 
 
 		 526 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.47 
 
 		 565 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.75 
 
 		 538 aa  114  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.76 
 
 		 535 aa  114  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.18 
 
 		 520 aa  114  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 517 aa  114  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  32.65 
 
 		 517 aa  113  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.21 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 524 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.21 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.21 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 519 aa  113  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.4 
 
 		 540 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.97 
 
 		 512 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  27.97 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  27.97 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.21 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.94 
 
 		 513 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.33 
 
 		 509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.97 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 534 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 539 aa  111  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 550 aa  111  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 		 558 aa  111  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 558 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.32 
 
 		 558 aa  110  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.95 
 
 		 532 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>