51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0873 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  100 
 
 		 701 aa  1400    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  37.75 
 
 		 669 aa  389  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1646  hypothetical protein  44.84 
 
 		 623 aa  355  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.327516  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  45.24 
 
 		 781 aa  287  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  47.31 
 
 		 794 aa  287  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1884  hypothetical protein  38.49 
 
 		 811 aa  171  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505665  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  44.12 
 
 		 915 aa  170  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  38.57 
 
 		 921 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  45.39 
 
 		 760 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  41.76 
 
 		 968 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  35.82 
 
 		 1192 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  40.51 
 
 		 1190 aa  94.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  38.76 
 
 		 1285 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  45.3 
 
 		 914 aa  90.5  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  40.29 
 
 		 668 aa  89.7  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  38.85 
 
 		 671 aa  87  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  42.34 
 
 		 1160 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  66.07 
 
 		 1268 aa  83.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  37.62 
 
 		 1096 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  28.22 
 
 		 632 aa  78.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  43.1 
 
 		 1248 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1032 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  35.1 
 
 		 1263 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  33.7 
 
 		 1032 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  53.73 
 
 		 1203 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5700  hypothetical protein  42.66 
 
 		 457 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0293  hypothetical protein  38.06 
 
 		 1164 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  34.19 
 
 		 1353 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  47.83 
 
 		 139 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  43.4 
 
 		 1122 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  51.79 
 
 		 1120 aa  59.7  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3962  hypothetical protein  30.07 
 
 		 671 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.443491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  41.33 
 
 		 1628 aa  57.8  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  41.41 
 
 		 908 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  29.2 
 
 		 341 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1618  hypothetical protein  29.23 
 
 		 762 aa  50.4  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  33.55 
 
 		 1167 aa  50.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  42.31 
 
 		 853 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  42.31 
 
 		 853 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  42.31 
 
 		 849 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 859 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 859 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1875  putative membrane protein, phage K related  24.07 
 
 		 600 aa  48.1  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.855752  hitchhiker  0.000000000791061 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 881 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 881 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 881 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  52.83 
 
 		 881 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  41.03 
 
 		 853 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  41.03 
 
 		 857 aa  47.8  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3387  hypothetical protein  27.81 
 
 		 715 aa  45.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000202252 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2477  hypothetical protein  25.99 
 
 		 732 aa  45.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>