25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3962 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3962  hypothetical protein  100 
 
 		 671 aa  1318    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.443491 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3387  hypothetical protein  34.35 
 
 		 715 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000202252 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2736  hypothetical protein  35 
 
 		 756 aa  108  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1618  hypothetical protein  30.48 
 
 		 762 aa  88.2  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3161  hypothetical protein  27.68 
 
 		 828 aa  83.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3738  hypothetical protein  27.51 
 
 		 540 aa  72.8  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1281  hypothetical protein  28.51 
 
 		 824 aa  65.5  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1349  lambda family phage tail tape measure protein  27.72 
 
 		 853 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.179371 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1626  hypothetical protein  27.78 
 
 		 925 aa  61.2  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  30.07 
 
 		 701 aa  60.5  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1880  hypothetical protein  64.1 
 
 		 698 aa  59.3  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.384763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1643  hypothetical protein  27.93 
 
 		 824 aa  58.9  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.304557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  28.72 
 
 		 794 aa  57.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1875  putative membrane protein, phage K related  25.27 
 
 		 600 aa  56.6  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.855752  hitchhiker  0.000000000791061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1646  hypothetical protein  29.35 
 
 		 623 aa  56.2  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.327516  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4103  hypothetical protein  25.71 
 
 		 814 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1577  lambda family phage tail tape measure protein  24.54 
 
 		 813 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.017316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  36.63 
 
 		 668 aa  54.3  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3494  hypothetical protein  26.46 
 
 		 852 aa  53.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0571399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  35.64 
 
 		 671 aa  52.4  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  26.78 
 
 		 781 aa  52  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0634  hypothetical protein  51.11 
 
 		 691 aa  47.8  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.486011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0537  hypothetical protein  27.13 
 
 		 792 aa  47.8  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216857 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2414  hypothetical protein  57.5 
 
 		 957 aa  45.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  29.96 
 
 		 820 aa  44.3  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>