224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0137 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0137  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 243 aa  503  1e-141  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1784  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.99 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  23.98 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0388  cyclic nucleotide-binding protein  21 
 
 		 213 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  25.38 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  24.23 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  26.02 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  24.23 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  23.71 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  22.96 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  23.71 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  23.71 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1975  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  23.71 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  22.68 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  24.02 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  23.86 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1984  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.513682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1958  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0304498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2165  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  23.35 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  22.56 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  23.35 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  23.35 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  23.35 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  23.35 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  22.73 
 
 		 272 aa  58.5  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  23.71 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  23.42 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  24.3 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  24.3 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2139  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.37 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.13 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.76 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.61 
 
 		 354 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0755  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  25.37 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  22.46 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1849  cyclic nucleotide-binding  27.22 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00134256  normal  0.103049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  22.34 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 		 226 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1540  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  22.94 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.11 
 
 		 230 aa  52.8  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  21.13 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.14 
 
 		 226 aa  52.4  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  23.83 
 
 		 231 aa  52.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.65 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.71 
 
 		 212 aa  52.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  22.45 
 
 		 225 aa  52.4  0.000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4212  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.5 
 
 		 303 aa  52  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  22.5 
 
 		 214 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 230 aa  51.6  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0401  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0458  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02063  transcriptional regulator of aerobic, anaerobic respiration, osmotic balance (CAMP-binding family) protein  22.6 
 
 		 222 aa  50.4  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00714534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>