More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3771 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 464 aa  897    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  63.79 
 
 		 483 aa  532  1e-150  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  56.69 
 
 		 478 aa  472  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.25 
 
 		 499 aa  449  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.62 
 
 		 500 aa  434  1e-120  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.26 
 
 		 472 aa  429  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.53 
 
 		 472 aa  429  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.35 
 
 		 516 aa  425  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.49 
 
 		 474 aa  356  5e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.84 
 
 		 474 aa  336  5.999999999999999e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.74 
 
 		 494 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.07 
 
 		 498 aa  282  1e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.36 
 
 		 513 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.37 
 
 		 531 aa  260  5.0000000000000005e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.78 
 
 		 500 aa  259  1e-67  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.05 
 
 		 498 aa  253  5.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.77 
 
 		 514 aa  239  5.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.19 
 
 		 411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.2 
 
 		 468 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  36.34 
 
 		 532 aa  227  3e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  34.69 
 
 		 546 aa  224  2e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  36.8 
 
 		 473 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  36.8 
 
 		 473 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.53 
 
 		 473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  33.75 
 
 		 603 aa  218  2e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  36.53 
 
 		 473 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  37.73 
 
 		 498 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  37.73 
 
 		 473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  38.65 
 
 		 485 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  33.42 
 
 		 572 aa  213  4.9999999999999996e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  35.29 
 
 		 442 aa  213  5.999999999999999e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  36.12 
 
 		 473 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.35 
 
 		 425 aa  199  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  31.41 
 
 		 605 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  33.62 
 
 		 605 aa  177  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  28.48 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  33.33 
 
 		 365 aa  143  6e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  30.62 
 
 		 395 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  35.79 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  34.15 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  26.52 
 
 		 384 aa  120  6e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.26 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  26.24 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  26.52 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.14 
 
 		 361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  33.33 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.8 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  24.59 
 
 		 390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  32.85 
 
 		 369 aa  110  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  36.52 
 
 		 355 aa  107  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  34.77 
 
 		 349 aa  105  2e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  26.54 
 
 		 468 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  25.22 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  26.63 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  38.86 
 
 		 349 aa  101  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  27.93 
 
 		 466 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  25.43 
 
 		 466 aa  98.2  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.42 
 
 		 374 aa  99  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  28.45 
 
 		 473 aa  97.8  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.51 
 
 		 365 aa  97.1  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  26.07 
 
 		 479 aa  96.7  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  23.62 
 
 		 468 aa  93.6  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  22.05 
 
 		 455 aa  94  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  22.72 
 
 		 515 aa  93.6  7e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  24.09 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  24.09 
 
 		 466 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  23.83 
 
 		 466 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  23.87 
 
 		 466 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  21.75 
 
 		 521 aa  89.4  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.69 
 
 		 460 aa  89.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  25.23 
 
 		 461 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  24.7 
 
 		 489 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  25.08 
 
 		 461 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  26.72 
 
 		 460 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  22.05 
 
 		 464 aa  86.3  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  24.81 
 
 		 463 aa  85.5  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.3 
 
 		 470 aa  85.1  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.91 
 
 		 466 aa  84.3  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  21.28 
 
 		 464 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.11 
 
 		 789 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  21.41 
 
 		 464 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  25.2 
 
 		 488 aa  81.3  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  24.14 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  24.14 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  24.14 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.47 
 
 		 530 aa  80.5  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  21.1 
 
 		 464 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>