More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2998 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 331 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 317 aa  99  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  29.26 
 
 		 311 aa  99  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.25 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.64 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  27.68 
 
 		 322 aa  95.9  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 321 aa  95.5  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 322 aa  95.5  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  28.25 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.63 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.63 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  32.13 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  32.13 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.57 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.04 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08730  transcriptional regulator  26.55 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188975 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.43 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 309 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  29.84 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.47 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.47 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  29.84 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  29.84 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.47 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.47 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>