More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3293 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 309 aa  328  8e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  52.94 
 
 		 310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 310 aa  325  5e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  52.3 
 
 		 310 aa  323  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 315 aa  276  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 383 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 304 aa  265  8e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  43.15 
 
 		 327 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2610  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.16 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 301 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.71 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 327 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.75 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.55 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 303 aa  186  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.2 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 362 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 555 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  183  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>