83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1325 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  100 
 
 		 195 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  67.18 
 
 		 196 aa  285  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  66.15 
 
 		 195 aa  281  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  65.05 
 
 		 187 aa  263  8.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02628  hypothetical protein  36.93 
 
 		 195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  37.36 
 
 		 195 aa  127  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0723  hypothetical protein  34.18 
 
 		 202 aa  124  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  40 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  40 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  38.67 
 
 		 209 aa  118  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  36.72 
 
 		 208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  35.52 
 
 		 211 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  35.52 
 
 		 211 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  35.52 
 
 		 211 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  33.89 
 
 		 219 aa  108  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  34.43 
 
 		 208 aa  104  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  30.05 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  30.05 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  30.05 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  30.05 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  30.05 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  32.95 
 
 		 209 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  33.71 
 
 		 209 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  32.39 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  31.34 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  35.92 
 
 		 105 aa  72.4  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1715  DNA transformation protein  24.86 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000335694  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  34.41 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  32.76 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  33.33 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  37.33 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  35.48 
 
 		 114 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  38.71 
 
 		 133 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  34.18 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  37.63 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  32.61 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  31.11 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  34.29 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3292  regulator of competence-specific genes-like protein  30.43 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254917  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3659  TfoX domain protein  32 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3336  TfoX domain protein  32 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  31.87 
 
 		 110 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  31.63 
 
 		 106 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  31.33 
 
 		 126 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  31.18 
 
 		 105 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  34.15 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  41.25 
 
 		 90 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  32.26 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  33.33 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2355  TfoX family protein  36.78 
 
 		 114 aa  52.8  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000106232  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  31.11 
 
 		 203 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  38.75 
 
 		 92 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  38.75 
 
 		 92 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  38.75 
 
 		 92 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  38.75 
 
 		 92 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  32.22 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  36 
 
 		 108 aa  49.7  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  28.87 
 
 		 109 aa  49.3  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  32.47 
 
 		 92 aa  48.5  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1774  TfoX-like  31.68 
 
 		 107 aa  48.5  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.831209  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  32.26 
 
 		 111 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  38.16 
 
 		 90 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03141  TfoX C-terminal domain family  37.14 
 
 		 127 aa  47.4  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  28.44 
 
 		 126 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  38.57 
 
 		 92 aa  47  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4881  TfoX domain-containing protein  30 
 
 		 131 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834076 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0312  hypothetical protein  32.79 
 
 		 101 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  32.56 
 
 		 90 aa  46.2  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  37.5 
 
 		 90 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  37.5 
 
 		 90 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  39.19 
 
 		 84 aa  45.1  0.0006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2207  hypothetical protein  32.99 
 
 		 121 aa  45.1  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0689  TfoX domain-containing protein  25 
 
 		 86 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  28.09 
 
 		 133 aa  44.3  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4340  TfoX domain-containing protein  26.67 
 
 		 145 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910947  hitchhiker  0.000361795 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0665  TfoX-like  27.78 
 
 		 171 aa  41.6  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.917152  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1058  TfoX domain-containing protein  29.41 
 
 		 111 aa  41.6  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1030  TfoX domain protein  27.43 
 
 		 110 aa  41.6  0.008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>