69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2628 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  100 
 
 		 211 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  100 
 
 		 211 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  100 
 
 		 211 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  53.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  52.76 
 
 		 208 aa  207  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  51.76 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  53.54 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  51.26 
 
 		 206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  47.96 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  44.62 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  44.62 
 
 		 209 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  44.62 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  44.62 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  44.62 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  44.62 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  44.62 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  42.72 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  42.64 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  42.64 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  42.64 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  42.64 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  42.64 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  38.33 
 
 		 196 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  38.33 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  38.55 
 
 		 195 aa  119  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  35.52 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2355  TfoX family protein  50 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000106232  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02628  hypothetical protein  29.55 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  28.49 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0723  hypothetical protein  25.39 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1715  DNA transformation protein  31.08 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000335694  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  31.87 
 
 		 105 aa  58.5  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  31 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  34.83 
 
 		 133 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  22.84 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  39.06 
 
 		 120 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  38.75 
 
 		 108 aa  52.4  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  31.11 
 
 		 118 aa  51.6  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2034  hypothetical protein  35.06 
 
 		 91 aa  51.2  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.81797  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4909  TfoX domain-containing protein  32.58 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3457  TfoX-like  32.58 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0944213  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  32.58 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  37.18 
 
 		 84 aa  50.4  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  33.33 
 
 		 133 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  32.22 
 
 		 114 aa  49.7  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  31.43 
 
 		 108 aa  50.1  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4340  TfoX domain-containing protein  27.93 
 
 		 145 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910947  hitchhiker  0.000361795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  32.05 
 
 		 126 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  29.35 
 
 		 105 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  29.35 
 
 		 106 aa  48.9  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  34.38 
 
 		 120 aa  48.9  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1931  TfoX domain protein  35 
 
 		 84 aa  48.5  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  26.67 
 
 		 109 aa  47.4  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4857  TfoX domain-containing protein  30.34 
 
 		 141 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.854535  normal  0.0129035 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0784  TfoX-like protein  30.11 
 
 		 349 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0751484  normal  0.199976 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  35.94 
 
 		 152 aa  45.8  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  33.72 
 
 		 126 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  32.61 
 
 		 111 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1774  TfoX-like  31.18 
 
 		 107 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.831209  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  28.57 
 
 		 128 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  31.18 
 
 		 124 aa  43.5  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1758  TfoX domain-containing protein  30.23 
 
 		 121 aa  43.1  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0969  TfoX domain-containing protein  28.57 
 
 		 122 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0877  TfoX domain-containing protein  28.57 
 
 		 122 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2219  TfoX, N-terminal  28.57 
 
 		 122 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0345909  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0060  hypothetical protein  28.57 
 
 		 122 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.306589  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0837  hypothetical protein  28.57 
 
 		 122 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  31.34 
 
 		 168 aa  41.6  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2207  hypothetical protein  34.04 
 
 		 121 aa  41.6  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>