31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4683 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  100 
 
 		 92 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  97.83 
 
 		 92 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  97.83 
 
 		 92 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  94.57 
 
 		 92 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  83.33 
 
 		 90 aa  158  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  75.56 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  75.61 
 
 		 90 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  75.61 
 
 		 90 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  48.28 
 
 		 92 aa  84.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0463  TfoX domain protein  48.05 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000116495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03141  TfoX C-terminal domain family  44.87 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  38.27 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  44.59 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  44.29 
 
 		 217 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  38.75 
 
 		 195 aa  51.6  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0958  TfoX domain-containing protein  36.14 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  36.84 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  35.53 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  37.84 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  34.15 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1825  TfoX-like  40.24 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.261493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  32.05 
 
 		 195 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2355  TfoX family protein  26.97 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000106232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  26.97 
 
 		 209 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1352  TfoX domain protein  32.93 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.499558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>