22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2346 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  100 
 
 		 92 aa  183  7e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03141  TfoX C-terminal domain family  44.87 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0463  TfoX domain protein  45.45 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000116495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  43.24 
 
 		 92 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  48.57 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  44.12 
 
 		 90 aa  57  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  44.59 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3115  TfoX family regulatory protein  59.57 
 
 		 49 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.897384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  44.59 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  44.59 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  44.59 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  40.54 
 
 		 90 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  40.54 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  41.33 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  37.66 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1931  TfoX domain protein  35.14 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0958  TfoX domain-containing protein  36.36 
 
 		 111 aa  47.4  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  38.57 
 
 		 195 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2034  hypothetical protein  31.71 
 
 		 91 aa  44.3  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.81797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1352  TfoX domain protein  33.75 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.499558 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  37.5 
 
 		 195 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0312  hypothetical protein  34.18 
 
 		 101 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>