21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0999 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  100 
 
 		 90 aa  184  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  80 
 
 		 90 aa  143  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  78.89 
 
 		 90 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  75.56 
 
 		 90 aa  139  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  76.4 
 
 		 92 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  80.72 
 
 		 92 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  75.56 
 
 		 92 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  76.4 
 
 		 92 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  50 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03141  TfoX C-terminal domain family  44.16 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0463  TfoX domain protein  54.84 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000116495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  41.33 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  41.33 
 
 		 92 aa  52.8  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  37.97 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  36.84 
 
 		 187 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  38.16 
 
 		 195 aa  47.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  35.9 
 
 		 196 aa  47  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  40 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2034  hypothetical protein  35.62 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.81797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  35.53 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  30.77 
 
 		 195 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>