61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4881 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008759  Pnap_4881  TfoX domain-containing protein  100 
 
 
131 aa  266  8e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0665  TfoX-like  59.06 
 
 
171 aa  147  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.917152  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3292  regulator of competence-specific genes-like protein  41.79 
 
 
132 aa  94.4  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254917  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  45.92 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  46.53 
 
 
203 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  45.54 
 
 
192 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  45.54 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  41.18 
 
 
105 aa  77.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  42.31 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  41.59 
 
 
120 aa  75.1  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  41.59 
 
 
120 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  37.84 
 
 
182 aa  73.6  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  40.2 
 
 
108 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  39.02 
 
 
124 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  35.34 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  37.14 
 
 
114 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  37.74 
 
 
109 aa  64.3  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  34.04 
 
 
168 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  34.21 
 
 
128 aa  62.8  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  36.28 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  37.17 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  39.22 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  34.62 
 
 
126 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  39.6 
 
 
106 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3659  TfoX domain protein  34.48 
 
 
155 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3336  TfoX domain protein  34.48 
 
 
152 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1774  TfoX-like  36.54 
 
 
107 aa  57.4  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.831209  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  33.86 
 
 
133 aa  57  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0689  TfoX domain-containing protein  41.49 
 
 
86 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_002936  DET1245  TfoX domain-containing protein  33.94 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0877  TfoX domain-containing protein  34.62 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0969  TfoX domain-containing protein  34.91 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0060  hypothetical protein  34.62 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.306589  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2219  TfoX, N-terminal  34.62 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0345909  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0837  hypothetical protein  34.62 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1758  TfoX domain-containing protein  34.62 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1058  TfoX domain-containing protein  33.67 
 
 
111 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4877  TfoX, N-terminal  26.79 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311955  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  30.36 
 
 
195 aa  50.8  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4340  TfoX domain-containing protein  30.77 
 
 
145 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910947  hitchhiker  0.000361795 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  28.32 
 
 
196 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  33.65 
 
 
223 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  26.72 
 
 
187 aa  48.9  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4857  TfoX domain-containing protein  31.73 
 
 
141 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.854535  normal  0.0129035 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  27.83 
 
 
195 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1030  TfoX domain protein  30.51 
 
 
110 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0784  TfoX-like protein  34.62 
 
 
349 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0751484  normal  0.199976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  36.63 
 
 
111 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  30.69 
 
 
209 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  31.82 
 
 
152 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4909  TfoX domain-containing protein  32.69 
 
 
219 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3457  TfoX-like  32.69 
 
 
219 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0944213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  26.17 
 
 
219 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  23 
 
 
195 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  30 
 
 
126 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  25 
 
 
206 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  25.53 
 
 
208 aa  40.8  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  25 
 
 
206 aa  40.4  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  24.72 
 
 
211 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  24.72 
 
 
211 aa  40.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  24.72 
 
 
211 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>