76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2425 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  100 
 
 		 114 aa  236  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  66.04 
 
 		 106 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  66.67 
 
 		 105 aa  153  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  66.04 
 
 		 105 aa  144  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  57.94 
 
 		 118 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1774  TfoX-like  60.19 
 
 		 107 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.831209  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  59.62 
 
 		 111 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3292  regulator of competence-specific genes-like protein  42.02 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254917  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  45.26 
 
 		 109 aa  87  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  42.98 
 
 		 168 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  41.58 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  40.86 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  43.48 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  42.05 
 
 		 108 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  40.2 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  40.66 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  42.39 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  40.22 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  40.66 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  31.48 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  35.24 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  38.64 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  34.78 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  34.83 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  35.48 
 
 		 195 aa  63.9  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  26.67 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0665  TfoX-like  34.29 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.917152  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0689  TfoX domain-containing protein  42.05 
 
 		 86 aa  62  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4881  TfoX domain-containing protein  36.89 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  30.34 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3336  TfoX domain protein  32.32 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3659  TfoX domain protein  32.32 
 
 		 155 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  32.32 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  33.33 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  31.18 
 
 		 195 aa  57.8  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4857  TfoX domain-containing protein  27.78 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.854535  normal  0.0129035 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  26.85 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4340  TfoX domain-containing protein  28 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910947  hitchhiker  0.000361795 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1030  TfoX domain protein  35.16 
 
 		 110 aa  50.4  0.000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3457  TfoX-like  27.78 
 
 		 219 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0944213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  32.97 
 
 		 219 aa  50.4  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4909  TfoX domain-containing protein  27.78 
 
 		 219 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4877  TfoX, N-terminal  24.04 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1758  TfoX domain-containing protein  26.6 
 
 		 121 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0060  hypothetical protein  25.53 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.306589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  32.22 
 
 		 211 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  32.22 
 
 		 211 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  32.22 
 
 		 211 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0969  TfoX domain-containing protein  25.53 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0837  hypothetical protein  25.53 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0877  TfoX domain-containing protein  25.53 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2219  TfoX, N-terminal  25.53 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0345909  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1058  TfoX domain-containing protein  34.07 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6335  TfoX, N-terminal  27.06 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  26.85 
 
 		 223 aa  47.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
NC_002936  DET1245  TfoX domain-containing protein  35.8 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0784  TfoX-like protein  27.78 
 
 		 349 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0751484  normal  0.199976 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1715  DNA transformation protein  21.05 
 
 		 238 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000335694  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  32 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2207  hypothetical protein  28.16 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  22.22 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  22.22 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  22.22 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  22.22 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  22.22 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  22.22 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  22.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  28.57 
 
 		 206 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  25.93 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  22.22 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  28.57 
 
 		 206 aa  40.8  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>