More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0025 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0025  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
220 aa  435  1e-121  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.253026  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0025  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
214 aa  422  1e-117  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  4.17711e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1431  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.77 
 
 
226 aa  221  7e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0383  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.21 
 
 
233 aa  176  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1404  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.96 
 
 
231 aa  170  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  40.93 
 
 
231 aa  147  2e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  32.89 
 
 
248 aa  144  8e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  38.29 
 
 
244 aa  142  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  36.94 
 
 
244 aa  138  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  4.15282e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  35.62 
 
 
232 aa  138  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  34.65 
 
 
240 aa  138  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
238 aa  137  9e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
238 aa  137  9e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
240 aa  137  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
239 aa  134  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  38.64 
 
 
243 aa  134  1e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.16 
 
 
238 aa  133  2e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.48 
 
 
237 aa  132  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
237 aa  132  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  33.63 
 
 
237 aa  132  4e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
239 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.67 
 
 
239 aa  132  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
239 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
239 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
239 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  35.85 
 
 
253 aa  131  8e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  35.85 
 
 
253 aa  131  8e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  32.89 
 
 
239 aa  131  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0325  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.48 
 
 
260 aa  130  1e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.473462  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.77 
 
 
238 aa  130  1e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.96 
 
 
257 aa  131  1e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
239 aa  130  1e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2011  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.18 
 
 
265 aa  130  1e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  36.82 
 
 
239 aa  130  1e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  32.89 
 
 
239 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
229 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
229 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
229 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.81946e-10 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
229 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  33.79 
 
 
239 aa  129  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.04 
 
 
241 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  35.53 
 
 
238 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  37.32 
 
 
243 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  36.04 
 
 
237 aa  128  5e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  34.88 
 
 
253 aa  129  5e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
237 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
237 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
247 aa  128  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
237 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
237 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.08 
 
 
237 aa  128  7e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  36.2 
 
 
242 aa  128  7e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  33.94 
 
 
237 aa  128  7e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.79 
 
 
241 aa  128  8e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  35.59 
 
 
250 aa  128  9e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  33.77 
 
 
240 aa  127  2e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  31.72 
 
 
250 aa  127  2e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68687e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  32.74 
 
 
246 aa  126  2e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  33.77 
 
 
240 aa  127  2e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
244 aa  127  2e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.45498e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  34.21 
 
 
238 aa  126  2e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  31.72 
 
 
250 aa  127  2e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
237 aa  127  2e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  33.48 
 
 
237 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  33.48 
 
 
237 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.88 
 
 
265 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.71 
 
 
248 aa  125  4e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.36564e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
239 aa  125  4e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  33.8 
 
 
242 aa  125  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
240 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0383  sigma-70 factor  33.18 
 
 
227 aa  125  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.740921  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
240 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  31.14 
 
 
236 aa  125  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  34.72 
 
 
243 aa  124  8e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  34.72 
 
 
243 aa  124  8e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  34.06 
 
 
240 aa  124  8e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  34.72 
 
 
243 aa  124  8e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
247 aa  124  9e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.89 
 
 
251 aa  124  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  34.38 
 
 
239 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
246 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
246 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  33.64 
 
 
239 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
240 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  34.43 
 
 
244 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  33.64 
 
 
247 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0984  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.2 
 
 
245 aa  122  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  6.19324e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
246 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  34.86 
 
 
246 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.59 
 
 
238 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  34.22 
 
 
248 aa  121  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.33 
 
 
246 aa  121  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3468  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.27 
 
 
267 aa  121  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  32.13 
 
 
254 aa  121  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
239 aa  121  1e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  34.86 
 
 
246 aa  120  1e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  34.86 
 
 
246 aa  120  1e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  34.43 
 
 
244 aa  120  1e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  35.16 
 
 
246 aa  120  1e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  31.7 
 
 
243 aa  120  2e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>