More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2180 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  46.8 
 
 
1051 aa  886  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  87.86 
 
 
1042 aa  1843  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  38.13 
 
 
1049 aa  660  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  82.52 
 
 
1031 aa  1747  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  47.14 
 
 
1046 aa  889  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.04862e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  37.13 
 
 
1017 aa  657  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  44.06 
 
 
1022 aa  867  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  37.78 
 
 
1032 aa  675  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  46.07 
 
 
1036 aa  904  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  38.06 
 
 
1036 aa  670  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  47.09 
 
 
1047 aa  895  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  36.08 
 
 
1032 aa  642  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0291  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  38.81 
 
 
1043 aa  701  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  39.09 
 
 
1044 aa  704  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0891  RND efflux transporter  36.51 
 
 
1029 aa  636  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668261  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4944  multidrug efflux protein  37.96 
 
 
1018 aa  644  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.978867  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  82.43 
 
 
1031 aa  1756  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.12735e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  47.09 
 
 
1047 aa  895  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  47.53 
 
 
1042 aa  903  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  47.18 
 
 
1047 aa  896  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  82.43 
 
 
1031 aa  1755  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  83.59 
 
 
1031 aa  1785  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  47.48 
 
 
1036 aa  939  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  46.65 
 
 
1034 aa  922  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  51.02 
 
 
1040 aa  1004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09520  RND efflux transporter  36.69 
 
 
1029 aa  636  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652607  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  37.77 
 
 
1018 aa  645  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  46.99 
 
 
1051 aa  891  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  83.59 
 
 
1031 aa  1785  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  81.23 
 
 
1034 aa  1730  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  46.54 
 
 
1033 aa  891  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  36.26 
 
 
1028 aa  637  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  51.83 
 
 
1048 aa  1036  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  40.89 
 
 
1064 aa  778  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0306  RND efflux transporter  38.12 
 
 
1044 aa  676  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  39.36 
 
 
1040 aa  684  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  48.21 
 
 
1038 aa  918  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0899  acriflavin resistance protein  38.16 
 
 
1048 aa  639  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0342  acriflavin resistance protein  39.19 
 
 
1050 aa  691  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.467499  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  61.01 
 
 
1046 aa  1303  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  44.16 
 
 
1024 aa  821  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3203  acriflavin resistance protein  51.7 
 
 
1041 aa  1012  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  58.07 
 
 
1035 aa  1197  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0089  putative integral membrane component of multidrug efflux system  37.04 
 
 
1022 aa  640  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2556  acriflavin resistance protein  38.78 
 
 
1051 aa  697  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  43.59 
 
 
1023 aa  812  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  82.62 
 
 
1031 aa  1760  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  3.50495e-07 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  36.34 
 
 
1040 aa  643  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0704  acriflavin resistance protein  59.98 
 
 
1038 aa  1209  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2815  acriflavin resistance protein  38.24 
 
 
1051 aa  695  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.874616  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3207  acriflavin resistance protein  37.86 
 
 
1037 aa  711  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0543905  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5136  acriflavin resistance protein  38.51 
 
 
1029 aa  665  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3736  acriflavin resistance protein  37.48 
 
 
1036 aa  664  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.504437  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0365  acriflavin resistance protein  39.39 
 
 
1037 aa  729  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5577  acriflavin resistance protein  37.45 
 
 
1037 aa  645  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.500475 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001981  RND multidrug efflux transporter  37.54 
 
 
1040 aa  653  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  46.56 
 
 
1037 aa  914  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  41.66 
 
 
1029 aa  794  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4296  acriflavin resistance protein  36.48 
 
 
1034 aa  649  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0155758  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01921  acriflavin resistance protein  52.48 
 
 
1041 aa  999  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413816  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2321  acriflavin resistance protein  54.72 
 
 
1052 aa  1067  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0273304 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1193  acriflavin resistance plasma membrane protein  36.42 
 
 
1019 aa  667  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00480  multidrug efflux pump  37.6 
 
 
1040 aa  660  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  46.56 
 
 
1037 aa  913  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  47.42 
 
 
1035 aa  916  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  6.15461e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  90.77 
 
 
1031 aa  1913  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  3.87519e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  46.66 
 
 
1036 aa  902  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  88.73 
 
 
1034 aa  1874  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  82.52 
 
 
1031 aa  1759  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  47.09 
 
 
1047 aa  896  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1234  RND efflux transporter  36.61 
 
 
1019 aa  668  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1581  acriflavin resistance protein  37.34 
 
 
1026 aa  645  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.270184 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3080  acriflavin resistance protein  47.14 
 
 
1045 aa  887  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.907454  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0974  multidrug efflux protein  36.91 
 
 
1014 aa  639  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543426  normal  0.0386559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  47.67 
 
 
1035 aa  922  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1030 aa  2076  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  41.94 
 
 
1025 aa  744  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3361  acriflavin resistance protein  41.05 
 
 
1048 aa  728  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.629992 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  37.64 
 
 
1037 aa  697  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  1.09455e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  83.59 
 
 
1031 aa  1784  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  36.83 
 
 
1009 aa  647  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  41.1 
 
 
1051 aa  773  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  57.53 
 
 
1036 aa  1173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.7 
 
 
1046 aa  889  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0906  multidrug efflux protein  36.81 
 
 
1014 aa  639  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216177  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  82.62 
 
 
1031 aa  1714  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  36.03 
 
 
1015 aa  640  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  36.86 
 
 
1057 aa  657  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  36.48 
 
 
1034 aa  653  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.05 
 
 
1024 aa  884  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  36.03 
 
 
1015 aa  642  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  55.73 
 
 
1029 aa  1124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  44.57 
 
 
1037 aa  876  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  36.29 
 
 
1029 aa  636  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  46.99 
 
 
1051 aa  891  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.47 
 
 
1068 aa  791  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  82.14 
 
 
1031 aa  1751  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  39.31 
 
 
1026 aa  729  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  37.85 
 
 
1030 aa  686  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  53.64 
 
 
1028 aa  1113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>