255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0251 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 160 aa  332  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  69.33 
 
 		 196 aa  228  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  66.25 
 
 		 193 aa  218  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  76.39 
 
 		 77 aa  123  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 79 aa  123  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  77.14 
 
 		 90 aa  122  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  64.2 
 
 		 84 aa  121  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  73.68 
 
 		 92 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  64.2 
 
 		 84 aa  121  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  64.2 
 
 		 84 aa  121  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  65.82 
 
 		 83 aa  121  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  121  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 82 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  71.83 
 
 		 106 aa  120  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  69.74 
 
 		 175 aa  120  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  71.05 
 
 		 77 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  71.05 
 
 		 77 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  67.53 
 
 		 83 aa  120  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  71.05 
 
 		 77 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  65.43 
 
 		 82 aa  119  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  72.22 
 
 		 82 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  62.96 
 
 		 84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  62.96 
 
 		 84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  72.22 
 
 		 82 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  71.62 
 
 		 77 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  76.47 
 
 		 98 aa  117  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  69.86 
 
 		 83 aa  117  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  70.83 
 
 		 84 aa  115  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  61.54 
 
 		 82 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  64.1 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  64.1 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  64.1 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  62.82 
 
 		 80 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  61.54 
 
 		 80 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  61.54 
 
 		 80 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  61.54 
 
 		 109 aa  110  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  58.11 
 
 		 79 aa  101  5e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 80 aa  97.1  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 80 aa  97.1  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  53.85 
 
 		 84 aa  91.3  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  48.05 
 
 		 83 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  52 
 
 		 82 aa  88.2  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  53.85 
 
 		 85 aa  85.5  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  45 
 
 		 86 aa  84.7  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  49.35 
 
 		 80 aa  84  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  53.73 
 
 		 83 aa  84.3  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  52.24 
 
 		 80 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  52.78 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  82  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 80 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  53.85 
 
 		 85 aa  82  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  53.03 
 
 		 80 aa  80.9  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  51.39 
 
 		 92 aa  80.9  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  56.72 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  52.86 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  80.5  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  48.05 
 
 		 83 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  44.19 
 
 		 87 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  48.72 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  47.37 
 
 		 92 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  48.05 
 
 		 92 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  44.87 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  49.35 
 
 		 80 aa  79.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  52.17 
 
 		 93 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 76 aa  79.7  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  49.33 
 
 		 85 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  53.52 
 
 		 83 aa  79.7  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  49.33 
 
 		 94 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>