More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3509 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  100 
 
 
211 aa  437  1e-122  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.47338e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  99.53 
 
 
211 aa  434  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.188e-09  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.75791e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  1.35204e-07  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 
211 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  3.39306e-08  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  98.1 
 
 
211 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.05148e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  98.1 
 
 
211 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.98691e-07  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  98.1 
 
 
211 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  98.1 
 
 
211 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.33673e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  97.16 
 
 
211 aa  427  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.2723e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  96.68 
 
 
211 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.13612e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  88.52 
 
 
210 aa  391  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  88.04 
 
 
210 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  88.04 
 
 
210 aa  389  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  88.04 
 
 
210 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  88.04 
 
 
210 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 
210 aa  387  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69957e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  86.6 
 
 
210 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 
210 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  82.46 
 
 
212 aa  360  9e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  79.02 
 
 
214 aa  352  2e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  72.25 
 
 
210 aa  332  3e-90  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  69 
 
 
211 aa  305  4e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  63.85 
 
 
217 aa  298  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  66.01 
 
 
214 aa  292  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  65.84 
 
 
214 aa  285  3e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  3.40418e-06 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  65.33 
 
 
215 aa  284  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  62.68 
 
 
214 aa  280  8e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  62.15 
 
 
214 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  62.5 
 
 
214 aa  278  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  62.02 
 
 
223 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  62.02 
 
 
214 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  62.02 
 
 
214 aa  275  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  62.87 
 
 
214 aa  273  9e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60.29 
 
 
212 aa  259  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  60.8 
 
 
198 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0954  cAMP-regulatory protein  55.34 
 
 
216 aa  235  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575012  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04006  cAMP-regulatory protein  43.9 
 
 
222 aa  208  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2246  cAMP-regulatory protein  48.26 
 
 
218 aa  205  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219541  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3715  cAMP-regulatory protein  43.9 
 
 
229 aa  205  5e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.088887  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0792  cAMP-regulatory protein  42.03 
 
 
229 aa  200  1e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0879  cAMP-regulatory protein  42.51 
 
 
229 aa  200  1e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000144762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0793  transcriptional regulator Vfr  70.94 
 
 
118 aa  174  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
223 aa  119  5e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  36.79 
 
 
214 aa  115  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.94 
 
 
220 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 
225 aa  106  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.35 
 
 
224 aa  105  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.89 
 
 
224 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 
251 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.24 
 
 
228 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
222 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.69 
 
 
225 aa  103  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.61 
 
 
222 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
225 aa  102  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.33 
 
 
228 aa  101  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.22 
 
 
226 aa  101  7e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.6 
 
 
225 aa  98.6  6e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
226 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.84 
 
 
225 aa  97.8  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
219 aa  97.1  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.39 
 
 
225 aa  95.9  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
219 aa  95.9  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.64 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.34 
 
 
224 aa  93.2  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.22 
 
 
242 aa  92.8  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
225 aa  92.8  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
224 aa  91.7  7e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
229 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.73 
 
 
220 aa  90.9  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.75 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.02 
 
 
225 aa  90.1  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
224 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  28.49 
 
 
226 aa  88.2  7e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
224 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>