More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3175 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  73.37 
 
 		 357 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  72.78 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  71.73 
 
 		 352 aa  488  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  71.13 
 
 		 352 aa  484  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  71.13 
 
 		 351 aa  482  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  58.66 
 
 		 352 aa  403  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  48.94 
 
 		 350 aa  305  5.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  43.64 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  41.44 
 
 		 357 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.9 
 
 		 341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01228  transcriptional regulator  44.08 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00348706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  41.99 
 
 		 339 aa  263  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 		 365 aa  256  6e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  41.09 
 
 		 344 aa  255  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0624  LacI family transcription regulator  41.62 
 
 		 348 aa  247  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.393739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  39.52 
 
 		 341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.63 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  39.46 
 
 		 339 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  39.16 
 
 		 339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  40.53 
 
 		 340 aa  233  5e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  38.86 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3749  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.9 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  38.14 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  37.84 
 
 		 340 aa  222  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  38.92 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  38.44 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  37.17 
 
 		 341 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3927  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 334 aa  209  6e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5078  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.3 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0397942  normal  0.741474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1177  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.72 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 351 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1861  transcriptional regulator  34.72 
 
 		 340 aa  189  7e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.453605  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.22 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1618  DNA-binding transcriptional repressor MalI  30.97 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.671811  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 358 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  36.45 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  37.69 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.75 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 368 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.14 
 
 		 340 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.64 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  36.87 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.85 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.83 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  31.83 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.83 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  39.23 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 336 aa  176  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 352 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.53 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.33 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.65 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 326 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.73 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.52 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  29.25 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.15 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.83 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 391 aa  170  4e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.42 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 349 aa  169  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>