More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5078 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5078  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  657    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0397942  normal  0.741474 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0624  LacI family transcription regulator  45.18 
 
 		 348 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.393739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  46.39 
 
 		 365 aa  276  4e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3749  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.99 
 
 		 344 aa  262  4.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  41.37 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  41.94 
 
 		 352 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  41.35 
 
 		 352 aa  227  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.44 
 
 		 341 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  39.76 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.88 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  39.53 
 
 		 357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  39.23 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 341 aa  208  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 340 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  39.17 
 
 		 352 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 340 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  38.03 
 
 		 344 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 339 aa  192  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  36.04 
 
 		 341 aa  192  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  35.31 
 
 		 340 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1177  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.3 
 
 		 360 aa  188  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  35.8 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  35.5 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.25 
 
 		 340 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  35.5 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  36.23 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.65 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1861  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.453605  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 346 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01228  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 354 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00348706  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 346 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.55 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.82 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.24 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.24 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.24 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.14 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  34.05 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  29.59 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.23 
 
 		 338 aa  166  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.22 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.31 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.12 
 
 		 331 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 331 aa  162  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 342 aa  162  7e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 346 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.22 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.61 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.53 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 329 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  36.69 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.45 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3927  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 334 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.83 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.42 
 
 		 348 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 		 338 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.24 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.52 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.91 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 		 352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2271  DNA-binding transcriptional repressor MalI  31.2 
 
 		 352 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.485606  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.82 
 
 		 338 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 336 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  32.42 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.75 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>