More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0596 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0596  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
644 aa  1317  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0279132  decreased coverage  1.83924e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4172  DNA mismatch repair protein  61.8 
 
 
614 aa  748  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0601  DNA mismatch repair protein  84.63 
 
 
631 aa  1093  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3895  DNA mismatch repair protein  77.32 
 
 
638 aa  1013  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329435  normal  0.756046 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3542  DNA mismatch repair protein  59.82 
 
 
628 aa  751  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3282  DNA mismatch repair protein  76.61 
 
 
641 aa  1008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.645074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0564  DNA mismatch repair protein  61.65 
 
 
631 aa  774  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.273606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0556  DNA mismatch repair protein  78.12 
 
 
638 aa  1015  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.37773e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3712  DNA mismatch repair protein  78.27 
 
 
637 aa  1014  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3434  DNA mismatch repair protein  97.83 
 
 
644 aa  1289  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0482547  normal  0.130022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3313  DNA mismatch repair protein  60.49 
 
 
619 aa  763  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0595  DNA mismatch repair protein  96.3 
 
 
648 aa  1274  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.32497e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3027  DNA mismatch repair protein  58.95 
 
 
650 aa  751  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0173835  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3769  DNA mismatch repair protein  78.02 
 
 
630 aa  1004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00256823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3207  DNA mismatch repair protein  58.95 
 
 
665 aa  736  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0795  DNA mismatch repair protein  63.27 
 
 
624 aa  768  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.741444  hitchhiker  0.00456525 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0701  DNA mismatch repair protein  46.3 
 
 
635 aa  502  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138509  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0429  DNA mismatch repair protein  47.6 
 
 
624 aa  498  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.37281e-06  hitchhiker  8.86041e-07 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3801  DNA mismatch repair protein  46.3 
 
 
635 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3655  DNA mismatch repair protein  46.3 
 
 
635 aa  502  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128216  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3723  DNA mismatch repair protein  46.75 
 
 
669 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0150049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3921  DNA mismatch repair protein  46.85 
 
 
661 aa  500  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0286731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2779  DNA mismatch repair protein  46.12 
 
 
652 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.841115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002257  DNA mismatch repair protein MutL  44.49 
 
 
670 aa  491  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.558957  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2756  DNA mismatch repair protein  48.82 
 
 
653 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25704  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3843  DNA mismatch repair protein  45.99 
 
 
615 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000795964  hitchhiker  3.87336e-07 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5686  DNA mismatch repair protein  46.15 
 
 
615 aa  483  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000161678  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00096  DNA mismatch repair protein  45.74 
 
 
681 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4412  DNA mismatch repair protein  46.63 
 
 
615 aa  485  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0194282  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4728  DNA mismatch repair protein  46.63 
 
 
615 aa  485  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0929403  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4641  DNA mismatch repair protein  46.15 
 
 
615 aa  484  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.231193  normal  0.0766044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4701  DNA mismatch repair protein  46.63 
 
 
615 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0915673  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04037  DNA mismatch repair protein  46.63 
 
 
615 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0484513  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3823  DNA mismatch repair protein MutL  46.63 
 
 
615 aa  484  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000414583  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0353  DNA mismatch repair protein  45.51 
 
 
613 aa  485  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114284  hitchhiker  0.00160708 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4720  DNA mismatch repair protein  66.57 
 
 
618 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4777  DNA mismatch repair protein  66.29 
 
 
618 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00171491  normal  0.0289843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4627  DNA mismatch repair protein  66.29 
 
 
618 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4637  DNA mismatch repair protein  66.29 
 
 
618 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000512951  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4756  DNA mismatch repair protein  66.29 
 
 
618 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0490  DNA mismatch repair protein  45.89 
 
 
649 aa  467  1e-130  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00424491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0533  DNA mismatch repair protein  67.77 
 
 
629 aa  459  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000857622  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1083  DNA mismatch repair protein  40.74 
 
 
615 aa  451  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3240  DNA mismatch repair protein MutL  42.35 
 
 
628 aa  446  1e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3976  DNA mismatch repair protein MutL  45.12 
 
 
639 aa  439  1e-122  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0323  DNA mismatch repair protein MutL  62.65 
 
 
652 aa  430  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  42.61 
 
 
633 aa  407  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  42.95 
 
 
633 aa  408  1e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  43.34 
 
 
629 aa  407  1e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  42.4 
 
 
623 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  41.55 
 
 
632 aa  400  1e-110  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  41.64 
 
 
633 aa  402  1e-110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  41.69 
 
 
632 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  40.61 
 
 
633 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  41.37 
 
 
648 aa  399  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  41.05 
 
 
635 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  41.28 
 
 
645 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  40.17 
 
 
630 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00647  DNA mismatch repair protein  59.82 
 
 
608 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.893353  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0584  DNA mismatch repair protein MutL  53.43 
 
 
602 aa  390  1e-107  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.969564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  41.22 
 
 
641 aa  385  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  1.20627e-11 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  56.23 
 
 
641 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  56.92 
 
 
611 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  39.29 
 
 
625 aa  357  3e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  37.24 
 
 
636 aa  356  7e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  9.63067e-09 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  55.49 
 
 
644 aa  355  1e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  53.19 
 
 
611 aa  350  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2754  DNA mismatch repair protein  53.19 
 
 
634 aa  343  4e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  51.36 
 
 
630 aa  340  7e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  52.57 
 
 
621 aa  335  2e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  52.57 
 
 
619 aa  335  2e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0668  DNA mismatch repair protein MutL  52.13 
 
 
620 aa  330  4e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.422126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  51.36 
 
 
626 aa  327  6e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  37.92 
 
 
652 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  47.77 
 
 
617 aa  323  6e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3853  DNA mismatch repair protein  37.91 
 
 
661 aa  320  4e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558268  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0336  DNA mismatch repair protein  49.85 
 
 
583 aa  320  5e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00211885  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0660  DNA mismatch repair protein  37.56 
 
 
661 aa  320  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0281  DNA mismatch repair protein  52.13 
 
 
667 aa  317  6e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0765  DNA mismatch repair protein  52.13 
 
 
667 aa  317  6e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  52.24 
 
 
655 aa  317  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0685  DNA mismatch repair protein  37.22 
 
 
661 aa  315  1e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0734  DNA mismatch repair protein  52.13 
 
 
667 aa  316  1e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  36.91 
 
 
647 aa  315  2e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  51.64 
 
 
636 aa  313  7e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  37.76 
 
 
691 aa  312  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  36.01 
 
 
616 aa  310  4e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  51.34 
 
 
635 aa  310  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2621  DNA mismatch repair protein  51.22 
 
 
662 aa  308  2e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1320  DNA mismatch repair protein  37.26 
 
 
705 aa  307  5e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  48.57 
 
 
575 aa  306  6e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  48.86 
 
 
574 aa  306  7e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  48.01 
 
 
613 aa  305  1e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3934  DNA mismatch repair protein  52.13 
 
 
688 aa  305  1e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000834702 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3308  DNA mismatch repair protein  37.18 
 
 
681 aa  304  3e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  48.93 
 
 
615 aa  304  3e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  35.79 
 
 
628 aa  304  4e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  2.70616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0750  DNA mismatch repair protein  51.52 
 
 
687 aa  303  6e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.536316  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3264  DNA mismatch repair protein  37.01 
 
 
681 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.815986  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2192  DNA mismatch repair protein  36.78 
 
 
684 aa  301  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>