More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3313 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3895  DNA mismatch repair protein  61.71 
 
 
638 aa  761    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329435  normal  0.756046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0601  DNA mismatch repair protein  62.06 
 
 
631 aa  770    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3542  DNA mismatch repair protein  58.91 
 
 
628 aa  730    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3282  DNA mismatch repair protein  60.77 
 
 
641 aa  758    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.645074  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0795  DNA mismatch repair protein  59.08 
 
 
624 aa  711    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.741444  hitchhiker  0.00456525 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4172  DNA mismatch repair protein  60.03 
 
 
614 aa  725    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3769  DNA mismatch repair protein  62.26 
 
 
630 aa  764    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00256823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3207  DNA mismatch repair protein  60.48 
 
 
665 aa  779    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0556  DNA mismatch repair protein  62.11 
 
 
638 aa  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000137773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0596  DNA mismatch repair protein  60.49 
 
 
644 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0279132  decreased coverage  0.0000000183924 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3434  DNA mismatch repair protein  60.18 
 
 
644 aa  767    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0482547  normal  0.130022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3313  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
619 aa  1281    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0564  DNA mismatch repair protein  55.28 
 
 
631 aa  696    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.273606 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3027  DNA mismatch repair protein  58.53 
 
 
650 aa  729    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0173835  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3712  DNA mismatch repair protein  62.11 
 
 
637 aa  764    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0595  DNA mismatch repair protein  60.27 
 
 
648 aa  765    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000232497 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4777  DNA mismatch repair protein  48.37 
 
 
618 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00171491  normal  0.0289843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4720  DNA mismatch repair protein  47.97 
 
 
618 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0353  DNA mismatch repair protein  47.81 
 
 
613 aa  502  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114284  hitchhiker  0.00160708 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4637  DNA mismatch repair protein  47.97 
 
 
618 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000512951  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4641  DNA mismatch repair protein  47.87 
 
 
615 aa  501  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.231193  normal  0.0766044 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4756  DNA mismatch repair protein  47.8 
 
 
618 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4412  DNA mismatch repair protein  47.7 
 
 
615 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0194282  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4627  DNA mismatch repair protein  47.97 
 
 
618 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5686  DNA mismatch repair protein  47.87 
 
 
615 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000161678  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3843  DNA mismatch repair protein  47.7 
 
 
615 aa  498  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000795964  hitchhiker  0.000000387336 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4728  DNA mismatch repair protein  47.7 
 
 
615 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0929403  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04037  DNA mismatch repair protein  47.7 
 
 
615 aa  498  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0484513  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3823  DNA mismatch repair protein MutL  47.7 
 
 
615 aa  498  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000414583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4701  DNA mismatch repair protein  47.7 
 
 
615 aa  496  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0915673  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3655  DNA mismatch repair protein  47.36 
 
 
635 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3801  DNA mismatch repair protein  47.36 
 
 
635 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0701  DNA mismatch repair protein  47.36 
 
 
635 aa  491  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138509  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2779  DNA mismatch repair protein  45.27 
 
 
652 aa  488  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.841115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00096  DNA mismatch repair protein  44.57 
 
 
681 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3921  DNA mismatch repair protein  46.46 
 
 
661 aa  483  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0286731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0429  DNA mismatch repair protein  46.8 
 
 
624 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000237281  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002257  DNA mismatch repair protein MutL  45.18 
 
 
670 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.558957  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0490  DNA mismatch repair protein  44.53 
 
 
649 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00424491  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3723  DNA mismatch repair protein  67.78 
 
 
669 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0150049  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2756  DNA mismatch repair protein  46.91 
 
 
653 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25704  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0533  DNA mismatch repair protein  66.06 
 
 
629 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000857622  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3240  DNA mismatch repair protein MutL  44.39 
 
 
628 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1083  DNA mismatch repair protein  61 
 
 
615 aa  443  1e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3976  DNA mismatch repair protein MutL  45.04 
 
 
639 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0323  DNA mismatch repair protein MutL  43.17 
 
 
652 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  41.52 
 
 
629 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0584  DNA mismatch repair protein MutL  36.56 
 
 
602 aa  392  1e-108  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.969564  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00647  DNA mismatch repair protein  45.95 
 
 
608 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.893353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  40.88 
 
 
623 aa  388  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  39.5 
 
 
630 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  40.28 
 
 
632 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  41.43 
 
 
633 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  41.26 
 
 
633 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  40.14 
 
 
633 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  39.4 
 
 
632 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  40.21 
 
 
633 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  55.29 
 
 
641 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  0.0000000000120627 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  40.52 
 
 
648 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  39.89 
 
 
635 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  39.33 
 
 
645 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  54.68 
 
 
641 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  54.38 
 
 
644 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  55.21 
 
 
611 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  39.75 
 
 
625 aa  360  4e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  54.55 
 
 
630 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  46.62 
 
 
611 aa  353  5e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  50.3 
 
 
636 aa  342  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  0.00000000963067 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  52.24 
 
 
621 aa  335  2e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  52.24 
 
 
619 aa  334  3e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0668  DNA mismatch repair protein MutL  50.46 
 
 
620 aa  326  7e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.422126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  50.45 
 
 
626 aa  324  3e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  45.95 
 
 
617 aa  310  6.999999999999999e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  35.55 
 
 
613 aa  307  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0336  DNA mismatch repair protein  36.73 
 
 
583 aa  307  4.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00211885  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  49.24 
 
 
574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  48.94 
 
 
575 aa  305  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  48.2 
 
 
616 aa  302  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  47.11 
 
 
615 aa  299  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  36.05 
 
 
691 aa  297  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  49.39 
 
 
652 aa  296  6e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3934  DNA mismatch repair protein  47.71 
 
 
688 aa  296  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000834702 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0281  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
667 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0765  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
667 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  49.09 
 
 
636 aa  296  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3853  DNA mismatch repair protein  48.17 
 
 
661 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558268  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0734  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
667 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  48.3 
 
 
628 aa  296  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000270616  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0660  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
661 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0750  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
687 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.536316  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0685  DNA mismatch repair protein  47.87 
 
 
661 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2621  DNA mismatch repair protein  48.17 
 
 
662 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  49.09 
 
 
655 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
647 aa  291  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  48.48 
 
 
635 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1304  DNA mismatch repair protein  45.4 
 
 
628 aa  290  6e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0761454  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1517  DNA mismatch repair protein MutL  46.06 
 
 
598 aa  289  9e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.249931 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2192  DNA mismatch repair protein  47.29 
 
 
684 aa  289  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1085  DNA mismatch repair protein  47.29 
 
 
684 aa  289  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0514  DNA mismatch repair protein  47.29 
 
 
684 aa  289  1e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>